《高山流水》取材於“伯牙鼓琴遇知音”，有多種譜本。有琴曲和箏曲兩種，兩者同名異曲，風格完全不同。
琴曲
隨著明清以來琴的演奏藝術的發展，《高山》、《流水》有了很大變化。《傳奇秘譜》本不分段，而後世琴譜多分段。明清以來多種琴譜中以清代唐彜銘所編《天聞閣琴譜》（1876年）中所收川派琴家張孔山改編的《流水》尤有特色，增加了以“滾、拂、綽、註”手法作流水聲的第六段，又稱“七十二滾拂流水”，以其形象鮮明，情景交融而廣為流傳。據琴家考證，在《天聞閣琴譜》問世以前，所有琴譜中的《流水》都沒有張孔山演奏的第六段，全曲只八段，與《神奇秘譜》解題所說相符，但張孔山的傳譜已增為九段，後琴家多據此譜演奏。
箏曲
箏曲《高山流水》，音樂與琴曲迥異，同樣取材於“伯牙鼓琴遇知音”。現有多種流派譜本。而流傳最廣，影響最大的則是浙江武林派的傳譜，旋律典雅，韻味雋永，頗具“高山之巍巍，流水之洋洋”貌。 山東派的《高山流水》是《琴韻》、《風擺翠竹》、《夜靜鑾鈴》、《書韻》四個小曲的聯奏，也稱《四段曲》、《四段錦》。 河南派的《高山流水》則是取自於民間《老六板》板頭曲，節奏清新明快，民間藝人常在初次見面時演奏，以示尊敬結交之意。這三者及古琴曲《高山流水》之間毫無***同之處，都是同名異曲。