轉基因食品的利弊各有不同，優點是給人類帶來便利，缺點為轉基因違反自然規律。
轉基因食品的優點為解決糧食短缺問題；減少農藥使用，避免環境汙染；節省生產成本；增加食物種類，提升食物品質。
轉基因的缺點為轉基因違反自然，因而有很多的不確定因素；植物引入了具有抗除草劑或毒殺害蟲功能的基因後，它所提供的食物有許多的潛在威脅；可能影響農業和生態環境；轉基因技術有可能造成生物汙染。
轉基因食品指的是利用轉基因生物技術獲得的轉基因生物品系，並以該轉基因生物為直接食品或為原料加工生產的食品稱為轉基因食品。國內目錄內轉基因食品都強制標識，消費者可以自由選擇對其消費與否。
關於微生物類轉基因食品的介紹：
微生物類轉基因食品指的不是轉基因微生物，而是用轉基因微生物加工而成的食品，典型代表是奶酪。奶酪是壹種常見的食品，在制作過程中需要用到發酵和凝乳兩個過程。起到凝乳作用的凝乳酶來源於沒有斷奶的小牛的胃的皺襞中。
常規方法需要屠宰小牛後，從胃中提取凝乳酶來生產奶酪。現在利用轉基因微生物已能夠使凝乳酶在體外大量產生，避免了小牛的無辜死亡，也降低了生產成本。
美國超過2/3的奶酪在生產過程中使用了這種遺傳工程的凝乳酶。除常見的奶酪外，由這類轉基因微生物加工而成的面包、啤酒、酒精飲料均屬於微生物類轉基因食品。
以上內容參考?巴彥淖爾市農牧局-轉基因食品的利與弊