1、性質不同。公司章程修正案：公司章程修正案是對公司章程的修改內容由公司董事會或股東會而出具的書面決議。章程備案：公司章程是公司必備的規定公司組織及活動基本規則的書面文件；
2、順序不同。公司章程修正案：由公司董事會作出修改公司章程的決議，開始草擬公司章程修正案。章程備案：先由公司依法制定公司章程，再根據需要草擬公司章程修正案；
3、用途不同。公司章程修正案：公司章程修正案的用途為根據公司發展的需要進行公司章程修改。章程備案：公司章程的用途為規定公司名稱、住所、經營範圍、經營管理制度等重大事項。
法律依據：《中華人民***和國公司法》第二十五條
有限責任公司章程應當載明下列事項：
（壹）公司名稱和住所；
（二）公司經營範圍；
（三）公司註冊資本；
（四）股東的姓名或者名稱；
（五）股東的出資方式、出資額和出資時間；
（六）公司的機構及其產生辦法、職權、議事規則；
（七）公司法定代表人；
（八）股東會會議認為需要規定的其他事項。
股東應當在公司章程上簽名、蓋章。