煬帝因見招撫不成,決定以武力討伐。大業六年(610年),煬帝派武賁郎將陳棱、朝廷大夫張鎮州,率領兵萬余人,自義安(今廣東潮州)渡海,先到高華嶼(今澎湖群島的花嶼與大嶼),又東行二日,到高華嶼,又東行二日到甓嶼,(今澎湖群島的奎壁嶼),又過壹日,便到流求。流求人初見船艦,以為是商旅到來,紛紛至軍中貿易。這說明當時大陸與流求之間有商業往來。陳棱率兵登岸後,要求當地酋長歡斯渴刺兜投降,遭到拒絕,於是隋軍“虜其男女數千人,載軍實而還”。
目前學者大都認定隋代的流求就是臺灣,理由主要有兩點:第壹,以方位與距離而言,《隋書》的流求應為臺灣,而非今日琉球。因臺灣距大陸福建甚近,所以天晴時自福建沿海可以望到。《隋書》流求國傳說;“每春秋二時,天清風靜,東望依希似有煙霧之氣。”第二,就風土人情而言,《隋書》的流求也應為臺灣,而非今日琉球。《隋書》流求國傳所載風土事物,與清人筆下的臺灣風物大都相合,而與《使琉球錄》中的琉球國風物不合。