樣品管理風險存在有：樣品編號混亂，無統壹唯壹性編號，易混淆。收樣時無進樣品狀態描述和風險評價，出現結果異常無法追溯。
樣品管理存在其他風險樣品沒有流轉卡，樣品責任不明確。樣品無待檢、在檢、已檢和留樣狀態標識，有漏檢和重檢的可能。樣品和留樣無分類貯存和監控，存在交叉汙染和黴變風險。
檢畢樣品回收和處置不規範，技術負責人責任不到位。樣品室與辦公室混用，有安全風險。樣品處理室與檢測室混用，有交叉汙染風險。樣品貯存無環境監控記錄，有樣品損毀風險。樣品采集過程中代表性不強，抽樣記錄不祥，影響檢測結果。
實驗室樣品管理環境控制存在風險：
1、操作間與儀器間無溫濕度儀，實驗環境條件不清楚。
2、無“三廢”收集處理裝置，對環境造成威脅。
3、房間墻壁脫落，地面粗糙不，雜物亂放，臺面淩亂，環境感官不佳，有粉塵汙染實驗的危險。
4、實驗室無強制通風設備，無防火、防水、防腐和急救設施，有人身安全感風險。
5、廢舊和長期停用設備未清出檢測現場，有誤用風險。
6、檢測工作時無環境條件記錄，檢測結果無法復現。
7、微生物學實驗室物流與人流未分開，壹更、二更和三更不規範，有交叉汙染風險。