唐代天寶年間（742-756），壹位來自鐘陵開元寺（今南昌佑民寺）的水潦和尚偕師弟道通禪師築室居之，這即寶峰禪寺之始。唐貞元四年（788年）馬祖道壹禪師在開元寺（今佑民寺）圓寂，藏靈骨舍利於寺後院。唐大中四年（850年）宣宗賜“寶峰”匾額，遂易名“寶峰寺”，沿用至今。
寺院整體建築格局嚴格按照佛教寺廟的定式，寺門朝南，建有高達13米的仿古牌坊。額坊正中有趙樸初居士親題的“馬祖道場”四個行楷大字，旁邊則鐫刻著“江右禪宗”，立柱上有中國佛教協會名譽會長、原寶峰寺方丈壹誠長老親撰的楹聯：“寶峰凈域，法雨源流，天下叢林從此啟；馬祖道場，宗風廣被，西來大意個中求。”牌坊前有壹處呈半月形放生池，放生池南側建有九龍壁，用青石雕制而成，造型古樸。
南北縱向的中軸線有正殿四重：壹進為山門殿，單層翹角；二進為天王殿，兩側有虛懷樓、雲海樓；三進為大雄寶殿，系磚木結構，也是寶峰寺的主體建築，建於古皇閣寶殿舊址之上，坐北向南，占地約1100平方米。殿內十分寬敞，可容數百僧眾同時誦經禮佛。殿內正中塑釋迦牟尼、阿彌陀佛和藥師佛三尊大佛像。龕後塑有觀音海島，大殿四壁塑有500羅漢，起伏坐臥，喜怒哀樂，形態逼真，服飾鮮艷，富有藝術美感；四進為法堂、藏經樓。
正殿兩邊有廂房、配殿，均為兩層，磚木結構。東側自南北，依次為鐘樓、客房、功德堂等。外側有內客堂、祖堂、韋馱殿等。所有殿堂與廂房均建有遊廊，在雨天繞殿壹周不致濕鞋。
寶峰寺內珍貴文物為馬祖塔，始建於唐朝中期，宋代重建，為馬祖舍利處，全稱為”寶峰馬祖壹大寂禪師舍利之塔“，並建有壹石亭，護罩塔身，曾於1957年列為全省重點文物保護單位。動亂時期，塔被毀，亭尚存。1993年，馬祖塔重建。全部采用從山東運來的漢白玉構建。塔高4.5米，底層為正方形須彌座造型，塔身是正方形，正面碑石上刻有著名書法家啟功先生所書：“馬祖道壹大寂禪師舍利之塔”東西兩面的碑石上，分別刻有唐朝權德輿和當代壹誠禪師所撰寫塔銘。塔亭以花岡石為原料，六柱六角寶蓋式造型，用石板覆蓋，檐首六角均有昂首龍頭狀飾物。
寺內古柏參天，樹木成蔭，花圃星羅棋布，形成園林式寺廟。江西佛學院就辦在此處，培養了不少佛門弟子，成為江西佛教文化的中心地之壹。此外，全國各寺和香港、臺灣等地僧侶、居士、遊客紛紛前來禮佛、參觀，已成為弘揚佛法道場，遊覽觀光勝地。