順治是染上天花，染疾而死。
順治十八年（1661）正月初二，福臨安排吳良輔出家為僧。這天他親臨憫忠寺觀看吳良輔出家儀式。歸來的當晚染上天花，發起高燒來。他預感病體沈重，勢將不支，初六日深夜急召禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙及原內閣學士麻勒吉入養心殿，口授遺詔。
王熙、麻勒吉二人退至乾清門下西圍屏內，以初七壹天的時間撰擬。壹***三次進給皇上預覽，皇帝三次親自斟酌，剛到晚上才決定。 當夜，年僅二十四歲的順治帝與世長辭了。
福臨晏駕後，麻勒吉及侍衛賈蔔嘉二人手捧遺詔去奏知皇太後，馬上向諸王貝勒貝子公大臣侍衛等人宣布。遺詔立八歲的皇三子愛新覺羅·玄燁為皇太子，繼帝位，命索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜為輔政大臣。
遺詔實為罪己詔，***羅列十四條罪過，主要是未能遵守祖制漸染漢俗，重用漢官致使滿臣無心任事，幾乎完全否定了他自己壹生中最有光彩的政績。
《順治遺詔》：實為順治帝的“罪己詔”，主要起草者是禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙。***羅列了十四條自己的罪過，主要是未能遵守祖制，漸染漢俗，寵漢抑滿等。
至於這是否福臨本意，即這十四條是否福臨過目批準的已無從知曉。但卻留給了後世之疑：遺詔公布前先奏知皇太後；遺詔的主要起草者王熙事後對此守口如瓶。因此，人們有理由說遺詔本出太後授意，確實是母親責備兒子的話。
福臨崩後，梓宮放在了景山壽皇殿。四月十七日，由再次進京的茆溪行森執行火化儀式。火化後寶宮（骨灰罐）安葬於遵化馬蘭峪，是為孝陵。廟號世祖，謚號章皇帝，後世累有尊謚，至乾隆元年（1736年）尊謚加為二十二字：體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝。
順治之死是清史四大疑案之壹。《清實錄》留下的記錄很簡單，只說順治十八年的正月丁巳（初七）日夜子刻，“上崩於養心殿”。他死的時候只有二十二歲十壹個月。
最早對順治之死有懷疑的是著名文學家吳偉業，他寫了壹首《清涼山贊佛詩》，中間露出了很多弦外之音，隱隱約約好像是在說順治皇帝並未歸天，而是另有歸屬，所謂“房星竟未動，天降白玉棺。惜哉善財洞，未得誇迎鑾”給人的印象就是這樣的。
吳偉業想說的是，順治沒死，他出家了。順治皇帝生前有壹段時間與佛教幾位高僧都有親密的交往，隨他們參禪學佛。大約在順治16年底至17年春間，他曾向高僧木陳忞表示有過出家之念。他說的原話是這樣的：“朕想前身的確是僧，今每當到寺，見僧家明窗幾凈，輒低回不能去。”他還說過更加直白的話：“若非皇太後壹人掛念，便可隨老和尚出家去。”
但還有人說順治皇帝並沒有出家，而是得了壹種病，這種病叫天花。而這壹說法，歷史上也有記錄，記錄順治皇帝死亡的時間和地點，然而並沒有順治皇帝死亡的原因。在清朝那個年代，天花被人們稱為瘟疫，不但傳染較高，而且得了這種病更是九死壹生了，死去的人渾身潰爛，人死後還非常的恐怖。
這些都證明，順治皇帝是病死的，而不是順治皇帝出家了。後來為什麽會說順治皇帝出家？那是因為順治皇帝信佛法，再者是因為順治皇帝這麽年輕的就死掉了，引起了朝廷的變化，朝廷故意散發他出家的消息。後來出現了文學和戲曲，所以這壹說法才在民間得到了廣為的流傳。
擴展資料：
順治，中國清朝清世祖愛新覺羅·福臨（1638年—1661年）的年號，通常也代指清世祖。順治年間，屬清朝早期，清朝對漢民族的統治矛盾比較尖銳，發生了“剃發易服”“文字獄”等重大歷史事件。
愛新覺羅·福臨（1638年3月15日—1661年2月5日），即清世祖（1643年－1661年在位），清朝第三位皇帝，清朝入關的首位皇帝。清太宗第九子，出生於沈陽故宮永福宮，生母為孝莊文皇後博爾濟吉特氏。年號順治，在位十八年。
福臨六歲登基，由叔父攝政王和碩睿親王多爾袞輔政。順治元年（1644年），清軍入關，入主中原。同年，遷都北京。順治七年（1650年），多爾袞出塞射獵，死於灤河，福臨提前親政。
面對全國出現新的抗清高潮，福臨同大臣經過反復籌商，決定采取撫重於剿的策略，壹方面實行“招降彌亂”的懷柔政策；壹方面重新起用洪承疇經略湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州等處。使局勢逐漸好轉，為日後進攻雲貴，統壹全國，奠定了基礎。
順治十年（1653年）為了恢復戰亂破壞的農業經濟，順治帝采納範文程等人的建議，設立興屯道廳，推行屯田。十四年（1657年），又積極鼓勵地主、鄉紳招民墾荒。對地方官員制定《墾荒考成則例》，按墾荒實績，分別予以獎懲。同年，編成《賦役全書》頒布天下。這些措施，使瀕於絕境的農業生產，開始有了轉機。
順治帝對整頓吏治甚為關註，派監察禦史巡視各地，懲治了壹批貪官汙吏。為了提高官僚機構的辦事效能，順治帝比較註意發揮漢官的作用。順治十六年（1659年），除東南沿海之外，全國領土基本得到統壹。
順治十八年（1661年）順治帝駕崩，終年24歲。廟號世祖，謚號體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝，葬於清東陵之孝陵，遺詔傳位第三子玄燁。
參考資料：