以下主線僅限TV版：
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 赤井秀壹殉職
509 紅白黃色與偵探團沖矢昴作為嫌疑人初出場，灰原感到組織氣息
507．卡拉OK包房的死角（前篇）
508．卡拉OK包房的死角（後篇） 本堂瑛佑知道了柯南是工藤新壹，涉及到赤井秀壹 柯南的詭異微笑
510 柯南vsW暗號之謎沖矢昴因為提及福爾摩斯而讓柯南感到似乎很興奮、很信任他
511 推理對決！新壹VS沖矢昴
同步推理，沖矢昴的微笑意味深長/片尾曲後在新壹家看電視喝著波本酒
521．殺人犯 工藤新壹工藤新壹第三次恢復 也有服部君
522．新壹的真實身份與小蘭的眼淚
523．真正想問的事
542 讓魚兒消失的壹角巖（前篇）哀覺得沖矢昴可疑，體現推理能力
543 讓魚兒消失的壹角巖（後篇）灰原再次感到壓迫感，沖矢昴和柯南壹起推理出兇手
563 偵探團VS強盜團（騷亂）波本假扮成赤井 試探其他人反應
564 偵探團VS強盜團（沈默）波本假扮的傷疤赤井在關鍵時刻救了柯南
578 召喚危機的紅色前兆沖矢昴出現在FBI之後
579 黑與13的暗示 沖矢昴和傷疤男同時出現，動作可疑
580 逼近的黑色時刻
581 紅色的搖擺目標 沖矢昴開頭和結尾的話意味深長 傷疤赤井對狙擊手挑釁微笑
616 -621福爾摩斯的默示錄系列 柯南第四次復原 向小蘭在倫敦告白
623 緊急事態252（後篇）?沖矢昴監視博士家，用追蹤眼鏡找到柯南壹行並最後擊倒歹徒，身手不凡
646 幽靈旅館的推理對決（前篇）世良真純初登場
647 幽靈旅館的推理對決（後篇）世良真純舉止可疑 可能故意推理出錯 觀察柯南舉動
651 柯南VS平次 東西偵探推理對決世良真純提到母親 且極有可能小蘭也認識
656 博士的視頻網站（前篇）沖矢昴被世良真純“看到”後說她“杞人憂天”了；監視博士家，發現柯南壹行人的舉動後，跟蹤柯南壹行人，在發現劫匪的蹤跡後放棄跟蹤
657 博士的視頻網站（後篇）表現出世良對灰原的興趣很濃厚 曾暗中調查並試圖接近灰原
667．結婚前夜（前篇） 安室透（波本）登場
668．結婚前夜（後篇） （2012年9月8日播出）
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以上就是截止目前為止的TV版主線了（黑衣組織系列）
其實樓主 還有好多好多的主線都是漫畫 還沒有制成動畫
我幫您把目前的主線漫畫情節梳理壹下（涉及到劇透 請謹慎查看）：
1.安室透就是波本也就是之前的傷疤男子。他假扮成傷疤秀壹的目的是觀察與赤井秀壹有關聯的人的反應，來確認秀壹的生死。他認為雪莉已被炸死 但又開始認為赤井沒有死（好繞.- -）
2.至於沖矢昴青山老師還未明確公布其身份 但是根據推理百分之九十九就是詐死的赤井秀壹。
在File.824 神秘列車（終點） 沖矢昴睜眼 很像赤井秀壹
3.世良真純麽，File.817中顯示，世良很可能認識宮野誌保（身體恢復的灰原哀）。在漫畫File.821、File.822中，確定了世良真純是赤井秀壹的妹妹 而且其很了解新壹 知道柯南身份
4.安室透在File.827 解開謎題的關鍵 中發現柯南使用變聲器推理 開始懷疑柯南身份
5.怪盜基德貌似也被柯南拽進了主線的渾水...- -
以下是有關基德的：
515 怪盜基·德的·瞬·間·移·動
537 怪盜基·德VS最強金·庫（前篇）
538 怪盜基·德VS最強金·庫（後篇）
571 妖·怪·倉·庫中的奪寶戰鬥（前篇）（只有遠影）
585 永恒的櫻花之戀 （基·德的預告）
586 消失在黑暗中的麒 麟之角
587 基·德VS四神偵探團
627 柯南基·德的龍馬寶物攻防戰（前篇）
628 柯南基·德的龍馬寶物攻防戰（後篇）有關怪盜淑女 基德的母親
真誠的希望能幫到您 若滿意請采納 謝謝~
如果還有疑問歡迎追問我喲~