1、蛋白質和酶組成不同。按照酶的化學組成可將酶分為單純酶和結合酶兩類。單純酶分子中只有氨基酸殘基組成的肽鏈。結合酶分子中則除了多肽鏈組成的蛋白質，還有非蛋白成分，如金屬離子、鐵卟啉或含B族維生素的小分子有機物。
蛋白質是由氨基酸以“脫水縮合”的方式組成的多肽鏈經過盤曲折疊形成的具有壹定空間結構的物質。蛋白質中壹定含有碳、氫、氧、氮元素，也可能含有硫、磷等元素。
2、蛋白質和酶作用不同。蛋白質是建造和修復身體的重要原料，人體的發育以及受損細胞的修復和更新，都離不開蛋白質。蛋白質也能被分解為人體的生命活動提供能量。酶是壹類生物催化劑，它們支配著生物的新陳代謝、營養和能量轉換等許多催化過程，與生命過程關系密切的反應大多是酶催化反應。
3、蛋白質和酶分類不同。人體和哺乳動物體內含有至少5000種酶。它們或是溶解於細胞質中，或是與各種膜結構結合在壹起，或是位於細胞內其他結構的特定位置上，只有在被需要時才被激活，這些酶統稱胞內酶；另外，還有壹些在細胞內合成後再分泌至細胞外的酶──胞外酶。
食物蛋白質的營養價值取決於所含氨基酸的種類和數量，所以在營養上尚可根據食物蛋白質的氨基酸組成，分為完全蛋白質、半完全蛋白質和不完全蛋白質三類。
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