九、科學技術部是創新基金的主管部門，負責審議和發布創新基金年度支持重點和工作指南，審議創新基金運作的重大事項，批準創新基金的年度工作計劃，並會同財政部審批創新基金支持項目，向國務院提交年度執行情況報告等。
十、財政部是創新基金的監管部門，參與審議創新基金年度支持重點和工作指南，並根據創新基金年度工作計劃，每年分兩批將創新基金經科學技術部撥入創新基金管理中心專用帳戶，同時對基金運作和使用情況進行監督、檢查。
十壹、由具有壹定權威的技術、經濟、管理專家和企業家組成創新基金專家咨詢委員會，負責研究創新基金年度優先支持領域和重點項目，指導創新基金年度支持重點和工作指南的制定，為創新基金管理中心提供技術咨詢。
十二、組建中小企業創新基金管理中心（以下簡稱“管理中心”），為非營利性事業法人，在科學技術部和財政部指導下，負責創新基金的管理工作，履行下列職能：
（壹）研究提出創新基金年度支持重點和工作指南，統壹受理創新基金項目申請並進行程序性審查；
（二）研究提出有關創新基金項目評估、評審、招標標準，提出參與創新基金管理的評估機構及其他中介機構的資格條件；
（三）委托或者組織有關單位或者機構進行創新基金項目的評估、評審、招標等工作；
（四）負責編制創新基金的年度財務決算和工作計劃，提出創新基金年度支持的項目建議，具體負責創新基金的運作；
（五）全面負責創新基金項目實施過程的綜合管理，負責創新基金項目的統計、監理和定期報告工作。
十三、科學技術部每年發布創新基金支持重點和工作指南。凡符合創新基金支持條件的項目，由企業按申請要求提供相應申請材料；申請材料須經項目推薦單位出具推薦意見，其中申請貼息的企業還需提供有關銀行的承貸意見。
十四、項目推薦單位要對申請企業的申請資格、申請材料的準確性、真實性等進行認真審查；對符合申請條件和要求的項目，出具推薦意見。
十五、積極引入競爭機制，推行創新基金項目評估、招標制度。凡符合招標條件的，必須通過公開競爭方式擇優確定項目承擔單位。
十六、管理中心按照有關標準要求，統壹受理項目申請並負責程序性審查，送有關評估機構或專家進行評估、評審或咨詢；符合招標條件的，須進行標書制定和評標選優。
十七、評估機構和評審專家對申報項目的市場前景、技術創新性、技術可行性、風險性、效益性、申報企業的經營管理水平等進行客觀評估、評審，並出具明確的評估、評審意見。
十八、管理中心根據招標情況和評估、評審意見，提出創新基金年度支持的項目建議；必要時，科學技術部和財政部可以對評估結果進行復審。項目建議經科學技術部會同財政部審定批準後，由管理中心與企業簽訂合同，並據此辦理相應手續。
十九、科學技術部和財政部每年分批向社會發布創新基金支持的項目和企業名單，接受社會監督。
二十、對未通過程序性審查和經評審、評估、招標後明確不予支持的項目，管理中心應當在項目受理之日起四個月內，書面通知申報企業。
二十壹、創新基金的年度預算安排由財政部確定。科學技術部根據財政部的有關規定，報告創新基金的使用情況，並接受財政部監督。
二十二、管理中心應當按照合同的要求，及時足額將創新基金撥至有關項目承擔單位。創新基金不得用於金融性融資、股票、期貨、房地產、贊助、捐贈等支出，更不得挪作他用。
二十三、管理中心用於創新基金項目的評審、評估、招標和日常管理工作的費用，實行預決算管理，報財政部審批後從創新基金利息收入中列支。
二十四、項目承擔單位每年應當向管理中心報告項目年度執行情況；管理中心應當向科學技術部報送年度預決算及執行情況。科學技術部每向財政部報送年度預決算及執行情況。
二十五、因客觀原因，企業需要對項目的目標、進度、經費進行調整或撤銷時，應當提出書面申請，經管理中心審核，報科學技術部和財政部審批後，方可執行。
二十六、已簽合同項目經管理中心批準撤銷或者中止，企業應當進行財務清算，並將剩余經費如數上繳管理中心。
二十七、管理中心提出有關項目管理、經費管理的實施方案，報科學技術部和財政部批準後實施。
主辦單位：科技部科技型中小企業技術創新基金管理中心
通訊地址：北京3823信箱 郵政編碼：100038