2010年12月14號上午9點左右，深圳地鐵國貿站第壹層月臺通往站廳之間的壹部OTIS扶手電梯（此電梯2011年期間壹直是全國關註的問題電梯），在上行時突然逆行，電梯上的乘客沒站穩，紛紛滾下電梯摔到地上，事故導致25人送醫院救治。
根據深圳市地鐵集團的現場初步勘驗，故障扶梯的主機固定螺栓松脫，其中壹個被切斷，使主機支座移位，造成驅動鏈條脫離鏈輪，上行的扶梯在乘客重量的作用下下滑，導致乘客多人受傷。地鐵集團於14日當晚連夜安排扶梯維保商對地鐵同類扶梯逐壹進行了針對性的檢查，防止同類事件再次發生。 2012年9月5日，深圳地鐵發生有史以來最嚴重的停運事故。受供電網絡中斷影響，深圳地鐵龍華線民樂至福田口岸段於當日下午1時37分癱瘓，至當晚7時45分恢復運行時，停擺超過6小時。在民樂站，港鐵公司安排了十幾輛“地鐵應急”公交車接駁乘客返回市區。深圳地鐵龍華線深圳北站至上梅林上行區段5日13時37分發生接觸網故障跳閘。事故造成該線路停運6個半小時，至20時04分恢復通行。
事故發生後，14時01分，負責運營的港鐵公司向軌道交通應急指揮協調中心（TCC）申請啟動公交接駁，沿線各站相繼封閉，避免乘客湧入。 深圳市及時通過各種渠道發布相關信息，深圳電視臺1至7套（深圳衛視除外）、廣播106.2及94.2、深圳新聞網滾動播報；地鐵1、2、3、環中線各站通過地鐵廣播、視頻等實時發布；深圳市相關網站政務微博發布。由於信息發布廣泛及時，方便乘客轉乘其他交通工具，有效避免了旅客滯留。 14時24分，深圳啟動公交接駁，抽調170臺應急公交接駁車在龍華線及1、2、龍崗線與龍華線換乘站間疏散乘客。 20時04分，故障處理完畢，全線恢復通車。 2012年11月1日，8時15分至9時30分，蛇口線多趟列車暫停運行，每次暫停時間為壹到兩分鐘，造成大量乘客被迫換乘數次，並滯留於沿線車站。深圳地鐵運營方在1日16時發布微博稱，因不明信號幹擾，列車啟動自動防護功能，自動防護會導致列車無法高速行駛。為避免影響到正常運營的列車，部分列車暫停使用。
2012年11月2日晚，知情人士爆料稱，地鐵方面已基本查明事故原因，“不明信號”初步判定是乘客手持便攜式WiFi發出的信號。“無線運營商推出便攜式WIFI路由器後，很多乘客在乘車的時候使用它上3G網絡。地鐵技術部門排查原因時發現便攜式WiFi發出的信號與地鐵自身用於傳送信息的信號相沖突，它們的頻段是相同的。”他詳細分析道，“地鐵方面多次測試，開啟便攜式WiFi後，列車收到地面指令就會超時，列車自動防護就打開，產生緊急制動。但是也不能確定，因此地鐵集團要求無線運營商協助查明原因。”該知情人士也給出內部材料證明自己的說法。
為何深圳地鐵其他線路未受到影響？經查找資料後發現，蛇口線和環中線用的都是CBTC系統，這是基於無線通信的列車自動控制系統。並且，用於這兩條線路上的CBTC信號系統都是由卡斯柯公司生產的。
記者就該事件咨詢了中國工程院院士王夢恕。他表示：“CBTC的確是目前世界上最先進的信號系統，高鐵和動車都用這個，最大的好處是高效、安全，可以兩分鐘安排壹輛車，大大提高了列車密度。”CBTC是否會受到3G等無線信號影響？王夢恕答復：“壹般來說不會，在設計時會避免沖突。但現在科技那麽發達，如果有新的無線發射設備出來，比如手機熱點等，可能會產生新的問題。” 2016年4月15日壹大早，正值早高峰，就有不少網友發微博稱被滯留在地鐵站內。
據多位市民網友報料，今天上午早高峰地鐵5號線列車下水徑往黃貝嶺方向，出現臨時停車狀況，導致多個地鐵站臺滯留大量乘客。
9點35分，深圳地鐵運營官方微博稱，8點21分，5號線往黃貝嶺方向因列車故障，導致列車出現不同程度延誤，運營總部已啟動應急預案，目前故障已經處理完畢。
因此受影響的市民可以前往客服中心辦理相關退票及延誤證明。
深圳市地鐵集團有限公司運營總部官方微博15日在微博發文表示，針對個別媒體及網友發布的黃貝嶺站發生踩踏導致壹女士骨折的信息，經核實5號線沿線車站及黃貝嶺站義工，今早黃貝嶺站未發生乘客踩踏事件，也無乘客骨折。
真實情況為壹女乘客因未吃早餐導致身體不適，經車站工作人員簡單照顧後，該乘客自行離開車站。對於今早五號線列車延誤給乘客造成的不便，深圳地鐵再次對受到影響的乘客表示歉意。