1、理氣活血，治關節疼痛
菖蒲具有理氣活血，祛風濕的作用，可以用來治關節疼痛，風濕痹阻、跌打損傷等瘀腫疼痛有顯著的療效。臨床上用新鮮的菖蒲，梔子、生姜等搗碎，敷在疼痛的部位，具有消腫止痛的作用。
2、醒脾和胃，治脾胃癥
菖蒲含有壹種揮發油，能夠有效的促進消化液分泌，幫助胃部的消化，以及抑制腸胃異常的發酵，因此有醒脾和胃的作用，用來治療胸悶腹脹，全身困重乏力，口淡等癥狀引起的濕困脾胃癥。
3、寧神安眠
健忘，失眠者可以用菖蒲。菖蒲對人體的中樞神經系統有抑制的作用，能夠讓人鎮靜下來，因此對失眠的人來說是有壹定的催眠作用的。又因為有著芳香的氣味，可以去痰濕，所以對那種痰熱內擾引起的失眠癥狀有顯著的功效。
4、開竅化痰
菖蒲的氣味芳香怡人，能起到化濕濁，化痰開竅的作用。可以用來治療因為痰濕蒙蔽，清陽不升而引起的神誌不清，耳聾目昏，精神遲鈍等癥狀。
驅蚊滅蟲
江南人家每到端午節的時候，就會懸掛菖蒲、艾葉到門窗上，並且會喝菖蒲酒，用來趨避邪疫。燃燒菖蒲驅蚊滅蟲的習俗壹直保留到現在。這是因為菖蒲的氣味芳香，能夠辟穢化濁，解毒驅邪。