1、菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在壹定條件下培養後所得1克或1毫升檢樣中所含細菌菌落的總數。
2、大腸菌群
大腸菌群包括大腸桿菌和產氣桿菌的壹些中間類型的細菌。
3、致病菌
致病菌既能夠引起人們發病的細菌。
4、黴菌及其毒素
我國還沒有制定出黴菌的具體指標，鑒於有很多黴菌能夠產生毒素，引起疾病，故應該對產毒黴菌進行檢驗。
5、其它指標
微生物指標還應包括病毒，肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被列為微生物檢驗的指標。