藥物的不良反應是指按規定用法與用量正常應用獸藥的過程中產生的與用藥目的無關或意外的有害作用。即對動物機體不利的效應。它包括：副作用、毒性反應、後遺反應、過敏反應、致畸作用、致癌作用和致突變作用等。常見的藥物不良反應有：
（1）與藥物劑量有關的不良反應主要是由於藥物的藥理作用增強所致，其特點是可以預測和逆轉，通常與用量和藥品質量有關。發生率高，死亡率低。
（2）與藥物劑量無關的不良反應主要是與藥理作用完全無關的壹種異常反應。其特點是很難預測和逆轉，常規的毒理學篩選很難發現。發生率低，但死亡率高。
（3）長期用藥引起的不良反應如長期使用麻醉性鎮痛藥後引起的耐受性和依賴性反應，或者長期濫用抗生素等引起的二重感染或致病菌耐藥。
（4）藥後效應型不良反應主要包括藥物的致畸性、藥物的致癌性、藥物對繁殖的影響、乳汁中藥物對幼畜的影響。