新疆師範大學音樂學院成立於2000年10月，其前身是成立於1978年的新疆師範大學音樂系。經過幾代人的努力，學院的各項事業都得到了全面的進步。目前已經發展成為新疆高等教育領域集教學、研究、創作、交流為壹體的重要音樂藝術教育和研究基地，為社會輸送了數千名藝術教育、表演人才，為我國藝術教育事業特別是新疆藝術事業的發展繁榮做出了應有的貢獻。
新疆師範大學音樂學院目前是新疆維吾爾自治區高校音樂專業唯壹的碩士授權單位。音樂學專業為教育部本科特色專業建設點，音樂學課程群教學團隊為國家級教學團隊。學院下設音樂教育系、音樂表演系、舞蹈教育系和大學音樂教研部。學院建有楊鴻年合唱藝術研究中心、迪裏拜爾聲樂藝術研究中心和木卡姆藝術研究中心及新疆新師藝術實踐有限公司，新疆新師藝術培訓中心。學院現有教職工78名，其中教授5名，副教授22名，在院碩士及本專科學生1100余人。學院組建有木卡姆、冬不拉、漢民樂三個樂團，其中木卡姆樂團和冬不拉樂團多次在全國最高賽事中獲得大獎。
音樂學院現任院長張歡教授，書記買買提·艾沙，副院長崔斌副教授，副院長付曉東副教授，副書記王曉群副教授。
音樂學院聘請了包括嚴良堃、於潤洋、楊鴻年、樊祖蔭、迪裏拜爾、金湘、陳銘道、管建華、王蕾、宋學偉、何曉兵、項陽等十幾位國內外著名藝術家和學者長期擔任客座教授。
音樂學院合唱團1999年7月在意大利第38屆“賽格希茲”國際合唱比賽中獲得三項第壹名，並多次承擔國家級大型演出任務，曾應文化部邀請成功的在北京、廈門等地舉辦多場藝術歌曲示範音樂會、中外名曲合唱之夜音樂會；學院手風琴樂團2000年6月在澳大利亞、新西蘭國際手風琴比賽中獲八項賽事中的七項第壹名，在2002年8月“中國?天津國際手風琴藝術節”中獲得合奏第壹名及重奏第二名，2004年10月在青島舉行的全國手風琴匯演大賽中獲得重奏組金獎和獨奏2個銀獎及1個銅獎的好成績。該院司紅軍同學在第10屆全國青年歌手大獎賽美聲組獲得第二名。2005年11月該院舞蹈專業學生趙勤、馬勇在中國“荷花杯”舞蹈大賽中獲得“個人十佳”及優秀表演獎。學院教改課題《在藝術實踐中實施素質教育》獲自治區級教學優秀成果特等獎，國家級教學優秀成果二等獎，2001年國家教育部授予新疆師範大學音樂學院“全國學校藝術教育先進單位”。