法律分析：
水利基金按經營收入的千分之壹繳納。水利建設基金是專項用於水利建設的政府性基金，不是稅。水利建設基金的計稅依據是不含稅收入。按月征收。凡有銷售收入和營業收入的企事業單位和個體經營者，按其上年銷售收入或營業收入的0.6‰征收地方水利建設基金。 按月或者季度的。
法律依據：
《財政部 國家稅務總局關於擴大有關政府性基金免征範圍的通知》 第壹條 將免征教育附加、地方教育附加、水利建設基金的範圍由現月銷售額或營業額不超過三萬，季銷售額或營業額不超過10萬的繳納義務人擴大到月銷售或營業額不超過10萬，季銷售額或營業額不超過30萬的繳納義務人。
水利基金的計稅依據分不含稅收入和實際繳納的增值稅、消費稅兩種情況。壹、不含稅收入：部分省份水利基金的計稅依據是企業的不含稅銷售收入。具體來講，企業在計算水利基金時，按照企業賬薄或財務報表裏面記載的銷售收入或營業收入，作為計算水利基金的計稅依據。
各省水利基金的具體比例不同。浙江省水利基金的計稅比例是0.01%；而湖南省水利基金的計稅比例是0.06%。水利基金在制定具體納稅比例時，可以根據自己省的實際情況進行制定。
二、實際繳納的增值稅、消費稅：部分省份水利基金的計稅依據是實際繳納的增值稅、消費稅。在計算水利基金時，山東省選擇的就是這種辦法。山東省水利基金的稅率是1%。雖然山東省水利基金的計稅比例是1%，但是在2021年山東已經不再征收地方水利建設基金。不僅如此，就是在2020年山東省實際征收時，水利建設基金的稅率也不是1%，而是按照0.5%的優惠稅率進行征收。
另外，對於企業按照不含稅的銷售收入計算水利基金時，如果是差額征收的納稅人，計算水利基金時，按照差額後的不含稅銷售額計算水利基金。