根據軟科排名可知，深圳市內最好的大學分別為南方科技大學（全國第33）、香港中文大學（深圳）（全國第57）、深圳大學（全國第68）、深圳北理莫斯科大學（全國第170）。
1、南方科技大學
南方科技大學是壹所位於廣東深圳市的公辦理科類大學，是中國“雙壹流”建設高校，廣東省高水平重點建設高校。該校擁有數學、物理學、化學等15個碩士學位授予點和力學、生物學、物理學等7個博士學位授予點。擁有或獲準批建的科研平臺有國家級2個，省部級27個，市級53個。
2、香港中文大學（深圳）
香港中文大學（深圳）簡稱“港中大（深圳），是壹所經中華人民***和國教育部批準，按照《中外合作辦學條例》設立，傳承香港中文大學辦學理念和學術體系的大學，為廣東省高水平大學重點學科建設高校。主管單位為廣東省教育廳，屬於中國內地與港澳臺地區合作辦學綜合大學。
3、深圳大學
深圳大學，簡稱深大，***有粵海和麗湖2個校區，占地面積為2.72平方公裏，下設27個學院/學部，開設101個本科專業，39個碩士壹級學科與27個專業學位碩士授權點，15個博士壹級學科與2個專業學位博士授權點以及9個博士後科研流動站。其中，工程學、臨床醫學等16個專業進入ESI學科世界排名前1%1，馬化騰、孟晚舟、史玉柱等人為深圳大學知名校友5。