解放後,中山碼頭是下關至浦口僅有的輪渡航線,每日開航62~70班次,日渡運乘客3萬人次以上,還有中山碼頭至六合九裏埂航線和中山碼頭至燕子磯等航線。南京長江大橋通車後,航次改為1小時壹班,日渡運量1萬余人次。1978年後,隨著南京經濟發展和浦口開發,日客運量增至4萬余人次。除中山碼頭至浦口航線外,還開辟了中山碼頭至采石磯等不定期水上遊覽航線。
1990年,已使用50余年的中山碼頭候船室進行擴建,是年12月29日完工,建成“山”字造型3層樓候船室壹座,建築面積3040平方米,對其他輪渡設施也分別改造和新建。1992年5月9日,新候船室正式啟用。現侯船室陳列有中山先生奉安大典實況圖片資料及中山碼頭建設圖片資料。