復旦大學醫院管理研究所發布2020年中國醫院排名。西南醫科大學附屬醫院在西南地區醫院排行榜中排名比去年上升三位，在西南地區醫院中排名14。
創造復旦中國醫院排行榜歷史最高排名。其中科研學術成績西南醫院第六，四川總醫院第二。2020年，西南醫科大學附屬醫院在西南專科聲譽榜上有15個專科，比去年多了3個。其中，核醫學科連續7年位居西南地區第二。
重點專業
國家中醫藥管理局重點學科:中西醫結合臨床實踐。
國家臨床(中醫)重點專科:腦病科、腎內科、整形外科(衛生部批準)。
腦病科、腎病科、肝病科、耳鼻喉科、重癥醫學科(國家中醫藥管理局批準)。
四川省壹級(建設)學科:臨床醫學、藥學。
四川省重點學科:內科學(心血管疾病)、生理學、中西醫結合臨床實踐、病理學與病理生理學、影像醫學與核醫學、內科學(感染性疾病)。
首先，西南醫科大學是雙非高校中水平較高的大學，屬於國內高水平大學的行列。其次，學校是全國高等院校醫學教育研究聯盟理事單位，川南大學聯盟主席單位。具有免試推薦優秀應屆畢業生攻讀研究生資格，入選卓越醫師教育培養計劃、卓越醫師(中醫)教育培養計劃、醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校、臨床醫學綜合改革試點高校。