1995年，清流縣轄龍津鎮、嵩口鎮、嵩溪鎮、林畬鄉、溫郊鄉、沙蕪鄉、東華鄉、賴坊鄉、鄧家鄉、靈地鄉、李家鄉、長校鄉、裏田鄉、田源鄉、余朋鄉，5個居委會、108個村委會。
2000年，清流縣轄5個鎮、10個鄉：龍津鎮、嵩口鎮、嵩溪鎮、靈地鎮、長校鎮、東華鄉、林畬鄉、溫郊鄉、余朋鄉、沙蕪鄉、賴坊鄉、鄧家鄉、李家鄉、裏田鄉、田源鄉。
2006年9月25日，撤銷東華鄉，並入龍津鎮。合並後的龍津鎮轄城東、城南、蔬菜、大路口、嚴坊、橫溪、南岐、橋下、供坊、俞坊、暖水、基頭、下戈、拔裏14個村委會和漁滄、長興、鳳翔、翠園4居委會，鎮人民政府駐現東華鄉人民政府駐地長興南街17號。全縣轄5個鎮、9個鄉：龍津鎮、嵩溪鎮、嵩口鎮、靈地鎮、長校鎮、溫郊鄉、林畬鄉、田源鄉、沙蕪鄉、賴坊鄉、余朋鄉、鄧家鄉、李家鄉、裏田鄉。
2007年12月14日，撤銷鄧家鄉，並入靈地鎮。合並後的靈地鎮轄靈地、靈和、青甲、楊源、姚坊、大坪、步雲、鄧家、田全、馬寨、尤坊甲、吉龍、坑甲、古洋14個村委會，鎮人民政府駐現靈地鎮人民政府駐地（群英街52號）。
2013年，清流縣轄5個鎮、8個鄉：龍津鎮、嵩口鎮、嵩溪鎮、靈地鎮、長校鎮、林畬鄉、溫郊鄉、余朋鄉、沙蕪鄉、賴坊鄉、李家鄉、裏田鄉、田源鄉。