首先是臺灣等大片領土的割讓，進壹步破壞了中國主權的完整，刺激了列強瓜分中國的野心，民族危機進壹步加深。
其次，是巨額賠款加重了中國人民的負擔，同時，加速了日本軍國主義的發展。清朝因此大借外債，致使列強控制了中國的經濟命脈。
最後，通商口岸的開放，使帝國主義侵略勢力深入到中國內地。允許在華投資辦廠，其他列強引用“利益均沾”的條款，爭先恐後地在中國開設工廠，嚴重阻礙了中國民族資本主義的發展。
《馬關條約》反映了帝國主義資本輸出、分割世界的侵略要求，外國資本主義對中國的侵略進入壹個新的階段，中國社會半殖民地化的程度大大加深了。