2009年5月14日，國務院正式下發《關於支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若幹意見》（以下簡稱《意見》），標誌著海西建設從區域戰略上升為國家戰略，為地處海西“橋頭堡”的平潭加快發展提供了前所未有的戰略機遇。國務院《意見》指出，“在現有海關特殊監管區域政策的基礎上，進壹步探索在福建沿海有條件的島嶼設立兩岸合作的海關特殊監管區域，實行更加優惠的政策”。根據這壹精神，福建省委、省政府在深入調研的基礎上，於7月底召開的省委八屆六次全會上正式作出了設立福州（平潭）綜合實驗區的決定，提出積極探索開展兩岸區域合作，建立兩岸更加緊密合作交流的區域平臺，努力把平潭建設成為探索兩岸合作新模式的示範區和海峽西岸經濟區科學發展的先行區。