1.第壹監區是洪澤湖監獄最大的監區，主要負責死刑的執行。
2.第三監區是以既定服刑人員為主體的監獄，是保障服刑人員人身安全、維護司法安全的壹種管理方式。
3.第六監區是洪澤湖監獄改造教育的專業機構，主要為服刑人員提供全面的法律矯正服務和改造教育活動。
4.第七監區是以安全司法執行為主要功能的監獄，涵蓋刑罰執行、信息采集、體罰處置、安全管理等內容。
5.第九監獄是以精神病人為主體的監獄，主要為精神病人提供治療、教育和社會準備服務，保障其人身安全。
6.第十二監區是以有條件的服刑人員為主體的監獄，主要為服刑人員提供刑罰法制、改造教育活動、道德宣傳等管理活動，以讓服刑人員走上正道，重新融入社會。