西湖大學是非營利性高端科研機構，南科大是公立大學。
2.專科數量不壹樣。
西湖大學將計劃分批設立12壹級學科，包括生物學、生物醫學工程、藥學、物理學、數學、化學、基礎醫學、計算機科學與技術、電子科學與技術、光學工程、材料科學與工程、機械工程，但主要集中在科學、生命健康、前沿技術三個學科。隨著學校的發展，西湖大學將適時成立人文社會科學學院及相關學科。
南科大設立了18個系中心，29個本科專業。
3、建國時間不同
西湖大學的前身是浙江西湖高等研究院(成立於2016)，由清華大學副校長施壹公教授、南科大校長陳士毅教授、中科大常務副校長潘建偉教授、北京大學科學部主任饒毅教授等科學家發起成立。2018 2月14日，教育部正式批準設立浙江省西湖大學。
2010 12教育部同意籌建南科大。2012年4月，教育部同意成立南科大，並賦予學校探索中國特色現代大學制度、探索創新人才培養模式的目標。