日本投降後，參與制定“向北發展，向南防禦”的戰略方針，以及調整戰略部署，編組野戰兵團，實行戰略轉變等重大決策。針對國民黨反動派堅持反***內戰的陰謀，極力主張積極向東北發展，派遣大批部隊和幹部及早占領東北戰略要地。1946年6月蔣介石發動全面內戰後，任中國人民解放軍總司令，繼續擔任中***中央軍委副主席，協助毛澤東指揮全國的解放戰爭。1947年3月，國民黨軍對解放區實行重點進攻，中***中央和人民解放軍總部主動撤出延安後，同劉少奇、董必武等組成中***中央工作委員會，到華北進行中央委托的工作。同年秋，親臨華北前線指導作戰。10月，指導晉察冀野戰軍取得清風店戰役的勝利，對扭轉晉察冀戰局起了關鍵作用。11月，指導晉察冀野戰軍取得石家莊戰役的勝利。此役開創了野戰軍攻占堅固設防的大城市的成功先例。他總結的石家莊攻堅戰經驗，在各個戰場上迅速推廣。1948年5月，他代表中***中央出席在河南濮陽地區召開的華東野戰軍前委擴大會議，並視察華東野戰部隊，作了重要講話，對加強部隊團結和紀律性起了重要作用。同年9月以後，參與組織和指揮遼沈、淮海、平津三大戰役，取得戰略決戰的決定性勝利。1949年5月，同毛澤東發出《向全國進軍的命令》。部署渡江戰役和解放西南、西北地區的重大戰役，徹底推翻了國民黨在中國大陸的統治。