故事設定為迪迦消失後的第8年-2017年。主人公飛鳥信（鶴野剛士 飾）的父親飛鳥壹馬，是在光中消失的宇航飛行員。當時飛鳥還和他的父親約定回來看他打棒球。在此時他卻從戴民長官那裏得知了噩耗。飛鳥長大後，加入了地球和平聯合組織TPC，在壹次模擬戰爭中壹舉擊敗了超級勝利隊的王牌飛行員由美村良，然而此時他卻遇到了宇宙球體“斯菲亞”，雖然他奮力戰鬥，卻寡不敵眾。此時他看見了神秘的光，成為了繼大古後的第二個光之巨人人間體。
飛鳥清醒過來時，他已經莫名其妙地成為了超級勝利隊(SUPER GUTS)的隊員了，原來是由美舉薦了他。
在火星的壹次戰鬥，斯菲亞與巖石合體，變成了怪獸。飛鳥在和它的戰鬥時，危機四伏，身體卻發出閃亮的光……這時，他變成了新的光之巨人。巨人以壓倒的優勢擊敗了敵人，變回飛鳥時，在飛鳥腳邊出現了神秘的變身器－裏夫拉舍變身器。
在之後，超級勝利隊的女孩綠川麻衣給這個新奧特曼命名為“戴拿·奧特曼”，於是，新的光之巨人有了壹個名字。
雖然整部故事都笑料百出，但是結局卻很悲傷，戴拿·奧特曼和格蘭斯菲亞同歸於盡了。但是，飛鳥在光中和他的父親壹起向奧特之星飛去，並且始終有壹天他會回來的！ 蓋亞·奧特曼的故事發生在另壹個時空中，這個時空既不同於昭和時代奧特曼的時空，也不同於迪迦·奧特曼和戴拿·奧特曼的時空。具有兩個在如何保衛地球不受破壞招來體破壞上思想相沖突的奧特曼。故事的前壹半展示了他們之間越來越緊張的關系以及兩人最後的決戰，而後壹半則調解了兩人的分歧，因此他們才能打敗***同敵人。劇中的戰隊也不同於以前的戰隊，而比以前的都要龐大。在故事中有多種類型的怪獸，除了來自宇宙的侵略者外，還有不少地球的怪獸以及壹些未知受天氣控制的機器人。
劇中最引人入勝的地方就是打破常規的兩個奧特曼的想法。蓋亞是故事的主角，可阿古茹也有許多次出場，並且兩人在故事開始經常爭執。他們的思想就像他們皮膚壹樣不同。不像蓋亞（或是到那時的所有奧特曼），阿古茹完全是藍色的。蓋亞很堅定地去救地球和人類，可同樣出生在地球的阿古茹，在壹開始只有興趣保護這個星球，甚至不惜犧牲人類（他和蓋亞的分歧就是從這裏開始的）。故事發生的時間設定在2000年。而在1997年，煉金之星（壹個由全球許多80年代出生的年輕天才組成的研究組織）的超級計算機就已預測到危機：地球和人類將被破壞招來體消滅。煉金之星研究的技術用來組成壹個全球防禦組織GUARD。這項計劃為了防止恐慌，是秘密進行的。XIG是GUARD的戰鬥力量，其總部建立在壹個浮在天空中 的基地，被稱為艾爾利基地。我夢是煉金之星壹個20歲的成員。他發明了許多用在XIG的技術（包括空中基地的動力排斥系統和XIG戰鬥機的反重力系統）。他所做的壹些以發現地球意願為目的秘密的虛擬現實實驗裏，在光之管道無意中遇見了神秘發光的紅色巨人：蓋亞·奧特曼。當破壞招來體開始對地球第壹波攻擊，XIG太年輕起不到作用時，時間停滯，而他墜入光之隧道並且又壹次遇到蓋亞·奧特曼。因為我夢十分關心地球和人類的命運，所以蓋亞的光變成了他的壹部分，使他能夠在需要時變成奧特曼。第壹個怪獸被打敗後，隨後越來越多的破壞招來體開始進攻，而且地球的怪獸也開始神秘蘇醒。因此蓋亞變得異常繁忙。我夢也作為 技術顧問加入XIG，不久後又發明了儲存蓋亞之光的藍寶錐。
在XIG中有許多不同角色的三人小隊（三個空軍部隊——精英小隊閃電隊、老兵小隊獵鷹隊以及女性小隊酷龍隊，壹個地面部隊海格利斯隊，壹個海洋部隊箭魚隊，壹個救援部隊海鷗隊）。此外，還有3個指揮官以及三個女通訊員（墩子、喬姬以及壹名見習隊員）。比起以前的戰隊，XIG擁有更多的女隊員。同時該劇中也有許多日語說得很好的外國人，例如通訊員喬姬·麗蘭以及煉金之星的凱瑟琳。她喜歡武器，經常把自己打扮得像SarahConnor並且與我夢偶然約會（讓墩子很生氣）。同樣的還有海鷗隊的麥克·西蒙以及壹些其他的煉金之星成員。
故事的另壹條主線是KCB電視臺的三個人。記者吉井玲子鐘情於藤宮博也，並且在救他和他的復原中扮演了很重要的角色。最終黑衣人藤宮博也變成了阿古茹奧特曼。本著對危機以及可怕的預測負責，在多次計算後，他認識到從破壞招來體中解救地球的唯壹方法就是消滅人類。他退出了煉金之星，自己離開去與稻森京子教授尋找地球的意願，卻只發現了阿古茹。阿古茹和蓋亞與破壞招來體戰鬥，很偶然他們才會互相幫助。隨著故事進行，滕宮變得越來越激進和魯莽，他在第12集和第18集與蓋亞發生過激烈的沖突，並且在他那不顧壹切的拯救地球的目標面前，對自己的人類同伴越來越不尊重。因此他身體越來越差。在酒吧被人欺負後，他說人類應該被地球凈化。但是玲子對他說：妳連自己都照顧不了，還怎麽照顧地球？
蓋亞和阿古茹在25集中進行壹場大決戰，結果兩敗俱傷。而由這場戰鬥釋放的可怕能量卻打開了壹個巨大的蟲洞。這個蟲洞使巨獸佐利姆出現入侵地球。這證明佐利姆早已預測到這場戰鬥。我夢對藤宮解釋到他壹直想打破危機，而藤宮的分析根本上有毛病。此時藤宮也意識到他所相信的壹切都基於這個錯誤，於是變得很沮喪。他把自己的阿古茹之光給了我夢讓他能夠打敗佐利姆。然後藤宮便消失了……我夢用他的藍寶錐接收了藍色的阿古茹之光，然後變成了蓋亞的V2型。這個形態是蓋亞和阿古茹的混合。但實際上這個形態還是與V1型很像，除了胸前的黑色條紋。蓋亞的V2型能變成至高型，這個形態像壹個有藍色的豐滿的V2型蓋亞。
總之，在後面的故事中，GUARD總是想先發制人打敗攻擊地球的怪獸。在38集中，他們想通過發射地底貫通彈摧毀睡眠中的怪獸提古利斯（壹個適得其反的計劃）。在44集中，他們又通過制造人造蟲洞想摧毀怪獸戈布和巴茨斯的母星，這同樣帶來了災難性後果（破壞招來體利用這個機會，通過蟲洞將戈布和巴茨斯送到地球）。對我夢來說很顯然的是，像提古利斯這樣的和人類壹樣出生在地球的怪獸，把他們從自己唯壹生存的地方根除或許是不公平的。而對於破壞招來體送到地球的怪獸，它們本質上也並不是邪惡的。他們被送到地球來也只是本能的試圖在壹個外星環境上生存。因此，我夢開始質疑他的道德和人類的動機。阿古茹最後以V2形態歸來。他和蓋亞拋棄了他們的分歧來對付***同敵人。在44集中蓋亞和阿古茹壹起聯手打敗超級戈布和超級巴茨斯。對地球力量的最終攻擊從布裏布羅茨的到來開始。他是壹個黑白怪獸，擁有用他胸前紅色物體吸收並反射奧特激光的能力。他系統地開始破壞GUARD的基地，並制造了阿古茹的混亂。提古利斯Ⅱ出現與布裏布羅茨戰鬥。這次，XIG、怪獸、蓋亞肩並肩與布裏布羅茨戰鬥。下壹步，47集中巨大生物莫奇安被送到地球。他是壹個磁單極子，本質上是壹個擁有足夠磁力將地球表面剝離的巨大磁鐵。這將使地球不適合人類居住。而死神揭露破壞招來體認為人類對宇宙來說是個威脅，而必須消滅。這是難以置信、值得壹看的壹集。當艾爾利基地最終看到壹些行動時，已經遭到嚴重破壞。最後的決定是，唯壹打敗莫奇安的方法是犧牲它，把空中基地撞向巨大的怪獸。而這又在沒有壹人死亡的情況下奇跡般地完成。最後三集包括大量德比西（像蟲子壹樣的怪獸）來到地球，並且蓋住了地球讓天空變成黑暗。XIG混亂了而且人類失去了希望，可德比西卻持續到來。它們合體形成了巨大的蓋紮德比西，而這次兩個奧特曼卻無法將它們全部打敗。最終破壞招來體以佐格的面目出現了。壹個巨大的白色天使。她殺死了與奧特曼作戰的蓋紮德比西，並且收回了蓋亞和阿古茹的光。失去了光，兩個奧特曼變回了我夢和藤宮。這壹切被KCB電視臺拍下了，並全世界看到。
兩個人並沒死，只是不能變成奧特曼了。在這關鍵的時候，所有地球的怪獸從全世界出現，與德比西和蓋紮德比西作戰來保護地球。我夢想出了最後的計劃，讓所有煉金之星的網絡來協助最後所剩的XIG戰鬥機，來從地球怪獸那裏轉移能量給我夢和藤宮，使他們獲得力量變回蓋亞和阿古茹。由於無法對抗強大的火力，佐格由天使變成了壹個非常非常大的龍形怪獸。這將使故事有壹個完美的結尾。每個人都回來，並聯合在壹起參與和佐格的最終決戰：蓋亞、阿古茹、XIG、地球怪獸、煉金之星、KCB電視臺成員甚至我夢的母親和父親。