林肯的當選，對南方種植園主的利益構成嚴重威脅，他們當然不願意壹個主張廢除奴隸制的人當總統。為林肯與兒子在白宮了重新奪回他們長期控制的國家領導權，他們在林肯就職之前就發動了叛亂。1860年12月，南方的南卡羅來納州首先宣布脫離聯邦而獨立，接著密西西比、佛羅裏達等蓄奴州也相繼脫離聯邦。1861年2月，他們宣布成立壹個“美利堅邦聯”，推舉大種植園主傑弗遜·戴維斯為總統，還制定了“憲法”，宣布黑人奴隸制是南方聯盟的立國基礎：“黑人不能和白人平等，黑人奴隸勞動是自然的、正常的狀態。”
1861年4月12日，南方聯盟不宣而戰，迅速攻占了聯邦政府軍駐守的薩姆特要塞。林肯不得不宣布對南方作戰。林肯本人並不主張用過激的方式廢除奴隸制，他認為可以用和平的方式，先限制奴隸制，然後逐步加以廢除，而關鍵是維護聯邦的統壹。在這種思想的支配下，北方政府根本沒有進行戰爭的準備，只是倉促應戰，而南方則是蓄謀已久，有優良的裝備和訓練有素的軍隊，所以，盡管北方在多方面都占有優勢，還是被南方打得節節敗退，連首都華盛頓也險些被叛軍攻破。
北方在戰場上的失利引起了廣大人民的強烈不滿，許多城市爆發了示威遊行，要求政府采取措施扭轉戰局。這時林肯才意識到，要想打贏這場戰爭，就必須調動農民的積極性，廢除奴隸制、解放黑奴。
1862年5月，林肯簽署了《宅地法》 ，規定每個美國公民只交納10美元登記費，便能在西部得160英畝土地，連續耕種5年之後就成為這塊土地的合法主人。這壹措施從根本上消除了南方奴隸主奪取西部土地的可能性，同時也滿足了廣大農民的迫切要求，大大激發了農民奮勇參戰的積極性。1862年9月，林肯又親自起草了《解放黑人奴隸宣言》草案。1863年1月1日正式頒布《解放黑奴宣言》，宣布即日起廢除叛亂各州的奴隸制，解放的黑奴可以應召參加聯邦軍隊。宣布黑奴獲得自由，從根本上瓦解了叛軍的戰鬥力，也使北軍得到雄厚的兵源。內戰期間，直接參戰的黑人達到18．6萬人，他們作戰非常勇敢，平均每三個黑人中就有壹人為解放事業獻出了生命。 1863年提出“民有，民治，民享”的綱領性口號，從而使戰爭成為群眾性的革命鬥爭。
這兩個法令的頒布是南北戰爭（the Civil War)的轉折點，戰場上的形勢變得對北方越來越有利了。
1863年7月1日到3日，雙方在華盛頓以北的葛底斯堡展開了內戰以來規模最大的壹次戰鬥。雙方激戰了三天三夜，北軍重創南軍，使南軍損失了3．6萬人，從此北軍開始進入反攻，而南軍只有防守了。
這年的7月4日，北軍又在維克斯堡大獲全勝。維克斯堡位於密西西比河上，是壹個高出水面200英尺的懸崖，據守懸崖的叛軍居高臨下，可以用炮火直接威脅河上來往的船只。如果從下面攻打這個要塞非常困難。早在1862年末，格蘭特就率軍在海軍的協助下幾次攻打這個要塞，但都沒成功。1863年4月，格蘭特實行了新的進攻計劃，先摧毀了要塞周圍的各個據點，然後包圍了維克斯堡。海軍也來助戰，從陸地和水上同時進攻，猛烈炮擊要塞，震耳欲聾的炮聲壹直響了47天之久。7月4日，困守要塞的叛軍彈盡糧絕，被迫投降，北軍這壹次俘虜叛軍2．9萬人。
緊接著，北方軍隊以秋風掃落葉之勢，迅猛追擊叛軍，1865年4月3日攻占了叛軍首都裏士滿。4月9日，叛軍總司令羅伯特·李率殘部2．8萬人在阿波馬托克斯小村向格蘭特投降。歷時四年的南北戰爭以北方的勝利而告終。