拜仁慕尼黑的隊徽曾多次變更。拜仁的隊徽是全德國乃至全世界最出名的標誌，據統計，大約有87%的德國人，89%的法國人，75%的英國人都知道這個標誌。拜仁從1921年開始使用隊徽，最初，會徽由4個個性化的字母F,C,B,M構成，主色調是藍色，後來逐漸演變成字母被代表勝利的月桂花環環繞著，隨著時間的變遷，代表勝利的桂冠取代了月桂花環。
1954年起，俱樂部采用代表俱樂部顏色的紅底白字加蘭白方塊標誌作為隊徽，紅與白是俱樂部的顏色，藍白色底象征著巴伐利亞的州旗，而蘭白色的小方塊則是慕尼黑這座自由城市的象征，本來俱樂部後邊的E.V是代表協會的標誌，但是從2002年2月起,因為俱樂部被改組為股份公司，所以FC BAYERN MUNCHENEV的最後兩個字母EV被取消了。長期以來，拜仁的會徽主色調是藍色和紅色。拜仁當前的會徽是壹個寫有FC Bayern München的紅色圓環包裹著巴伐利亞州州旗。
左上方是拜仁1923-1938年、1945-1954年使用的隊徽，款式、顏色搭配與今日完全不在壹個頻道；右上方則是1954-1961年間使用的隊徽，與如今的紐倫堡隊徽屬壹個系列；左下方是拜仁1965-1970年使用的隊徽，其中開始加入巴伐利亞區旗要素；1971至今使用現有隊徽。 拜仁2011-12賽季主場球衣。阿迪達斯公司與拜仁慕尼黑俱樂部於德國當地時間4月19日在慕尼黑安聯球場正式宣布在現有基礎上將贊助合同延長至2020年，同時發布了球隊2011-12賽季新款主場球衣。紅色和金色成為新球衣的主題，以此代表阿迪達斯公司與俱樂部合作將近半個世紀的光輝歲月，也表達了俱樂部希望下個賽季對球隊來說成為壹個名副其實的“黃金賽季”的美好憧憬。新球衣隱藏有若隱若現的齒條細紋，衣領內側“Mia san Mia（我就是我）”源自巴伐利亞俚語，而領子後面的“Rekordmeister（記錄之王）”和4顆星則代表了球隊歷史上總***獲得的21個德甲冠軍，這也意味著德甲聯賽歷史上有接近壹半的賽季都是拜仁笑到了最後。
根據拜仁慕尼黑最初的球隊章程，球隊的球衣顏色應該是藍色和白色，但是俱樂部在1905年加入MSC之前，壹直身著的是白色的上衣和黑色的短褲。MSC要求，足球運動員應該身著紅色短褲進行比賽，所以在後來的大部分時間當中，拜仁的球衣主色調變為了紅色和白色，有時也會出現藍色。1969-70賽季，拜仁主場球衣是藍白間條衫，並且短褲和襪子的顏色同樣是藍色。1995年，拜仁的球衣也有相似的設計。但從1999年開始，拜仁回歸了最初的顏色。長年以來，拜仁的客場球衣沒有固定的顏色，曾經使用過的顏色包括了白色、黑色、藍色以及黃綠色等。此外，拜仁還擁有壹套第三球衣。
在20世紀80年代到90年代，每當拜仁客場對陣凱澤斯勞滕時，他們都會使用壹款特殊的球衣。這款球衣與巴西國家隊球衣相似，而身著這款球衣的理由出於迷信，因為球隊很難在凱澤斯勞滕的主場取得勝利。
2013年5月10日，拜仁慕尼黑發布了2013-14賽季隊服，這款新球衣采用的是經典的拜仁紅色和白色的搭配，拜仁經典的口號“MIA SAN MIA(（我們就是我們）”依然存在。這款球衣最大的不同點，就在於將2011-12、2012-13賽季主場球衣金色的部分換回了白色，袖口也加上了白色鑲邊，重回傳統和經典。這件拜仁球衣，被拜仁官網稱作是“100%的拜仁魂”。拜仁下賽季主場戰袍另外壹個顯著的變化就是球衣加上了鉆石暗紋，這也是拜仁隊徽中間的藍白方塊的圖案——巴伐利亞州的象征。拜仁門神諾伊爾在接受采訪時表示自己很喜歡這款球衣。“雖然我不能穿這件球衣（註：諾伊爾將在新賽季身披門將服），但我真的很喜歡它。”諾伊爾說道。新拜仁主場戰袍不僅采用了經典設計，還運用了領先科技，呼吸材料讓拜仁球員可以在球場上更為舒適的奔跑。要知道，賽季的幾場強強對話中，拜仁球員的奔跑裏程都超過了對手，新球衣想必將幫助球隊取得更好的成績。
2015-2016賽季，拜仁慕尼黑的客場球衣以白色為主色調，胸前配有紅、藍、灰三色條紋。球衣頸部印有 Mia san Mia 的口號，肩部帶有阿迪傳統的三道條紋，領口配有扣子。