但也要清醒地看到，濕地保護仍然是生態建設中十分突出的薄弱環節，形勢依然相當嚴峻。首先，它面臨著巨大的經濟發展壓力。以前壓力主要來自解決吃飯問題，為了增加耕地，大量開墾濕地。目前，壓力來自於追求經濟發展和為經濟建設過度開發濕地資源。其次，影響濕地保護和管理的壹些基本問題沒有解決，特別是思想認識不足、政策機制缺失、資金投入不足、管理體制薄弱。這些問題導致壹些地方出現了盲目開發利用、亂占濫用濕地的現象，導致濕地面積不斷減少，濕地功能不斷下降，而且這種趨勢還在持續。
鑒於當前我國濕地保護和管理的嚴峻形勢，為適應國家全面加強生態建設的新要求，今後壹個時期濕地保護和管理的指導思想和目標是:以“三個代表”重要思想為指導，認真落實科學發展觀，堅持以保護濕地生態系統和提高生態功能為中心，按照積極保護、科學修復、合理利用、可持續發展的原則，依靠各級地方政府和全社會力量。認真落實《關於加強濕地保護管理的通知》要求，全面實施國家濕地保護工程計劃，努力實現濕地保護快速健康發展。到2010，全國60%的自然濕地得到有效保護，濕地面積萎縮、功能退化的趨勢得到遏制和初步扭轉；到2020年，70%以上的自然濕地得到有效保護，濕地保護和利用開始步入良性發展軌道，形成完善的自然濕地保護網絡和管理體系。
為實現上述目標，在濕地保護中應正確把握和處理好以下關系。首先是保護、開發和利用的關系。樹立保護為主的思想，堅持在保護中發展，在發展中保護，嚴格保護和規範使用行為，通過科學利用鞏固保護成果，將濕地保護管理引入可持續發展之路。二是長遠利益和眼前利益的關系。按照統籌規劃、協調發展的要求，把濕地保護和開發與增加人民收入、提高人民生活水平結合起來，促進區域經濟發展，實現三者的和諧統壹。三是重點項目實施與面上工作的關系。以大項目促大發展是林業建設的成功經驗，也是實現濕地事業快速發展的重要途徑。在實施濕地保護工程的同時，抓好濕地保護，重點突破，全面推進。第四是部門領導和依靠各方力量的關系。要按照由部門辦林業向全社會辦林業轉變的要求，在認真履行自己職責的同時，加強與有關部門的密切配合，形成全社會關心和支持濕地保護事業的良好局面。
要實現上述目標，必須做好濕地保護、濕地恢復、可持續利用示範、保護區和當地社區管理、提高保護能力建設五個優先項目。濕地保護的優先項目是加強濕地保護區建設，發揮保護區在保護自然濕地中的重要作用，同時采取生物和工程措施控制濕地汙染。濕地恢復的重點工程是對重要濕地保護區的水資源進行分配和管理，綜合改善退化的自然濕地，努力恢復濕地的生態功能。可持續利用示範優先項目是選擇具有發展潛力和示範意義的區域和項目，開展多種形式的濕地資源可持續利用示範，為濕地地區農業產業結構調整提供經驗。保護區和當地社區建設的優先項目是以社區為濕地保護基層單位、以保護為中心設計規劃項目，大力實施有利於濕地保護和可持續利用的社區發展項目。提高保護能力建設的優先項目是建立國家和地方濕地資源調查監測體系、科技支撐體系、宣傳教育培訓體系，提高濕地保護和管理水平。
實現上述目標，必須根據當前濕地保護工作仍處於搶救性保護階段的實際，緊緊圍繞擴大濕地保護和恢復濕地面積，做好各項重點工作。認真落實國家濕地保護工程規劃，按照工程規劃要求編制濕地保護工程近期實施計劃，明確分期建設目標和重點工程並認真組織實施；加強自然濕地的搶救性保護，把建立濕地保護區作為搶救性保護的關鍵措施，在有條件的地區抓緊建立保護區，使更多的自然濕地盡快納入保護範圍。在因條件限制暫時難以建立保護區的地方，因地制宜積極建立保護社區或設立保護地；加快制定《濕地保護條例》，引導濕地保護管理走上法制化軌道；采取堅決有效的措施，制止肆意侵占和非法破壞濕地的行為；加強濕地保護科學研究和科技支撐體系建設，強化濕地培訓、資源監測和實施；深入開展濕地保護宣傳教育，把提高濕地保護意識作為濕地保護的基礎性、前瞻性工作，使濕地保護成為廣大人民群眾的自覺行動。