1938年2月，到達陜北革命根據地延安，先後進入抗日軍政大學、中組部黨員培訓班學習，留在延安工作。同年加入中國制片人黨。1939 65438+10月，他和劉起草並向中組部遞交了《關於我們對雲南和雲南軍隊工作意見的報告》，提出到雲南工作。1940年9月，中央組織部分配朱到雲南工作。到達重慶後，周恩來對他在滇軍中的工作作了具體指示。1941年1月，根據黨的指示，利用社會關系進入雲南部隊，歷任營長、副團長、團長。在這個掩護下，他進行了大量艱苦卓絕的革命工作。他利用壹切機會把許多被疏散的地下黨員和進步分子隱藏在雲南軍隊中，到敵後開展工作並積極準備抗日遊擊戰爭；他主持成立了滇軍十八師文藝隊和先鋒劇團，宣傳抗日救國。他廣泛接觸中上層軍官，通過各種渠道做了大量的統戰工作。1946年離開滇軍，根據黨組織的安排被撤為黨的特別支部書記。
1947年冬，朱根據省工委的指示回到雲南。1948年初，參加並領導魯南龜山、彌勒山起義，組建雲南人民遊擊武裝主力:以蔣介石為統帥的雲南人民自衛軍第壹縱隊。在攻打師宗、圍攻丘北、攻克廣南、南下廣西、合陽練兵、轉戰開光等壹系列戰役和軍事行動中，堅決執行黨中央、中央分局、雲南省工委、桂滇邊區工委的指示，表現出高度的黨性。他英勇善戰，身先士卒，與幹部戰士榮辱與共，為雲南人民武裝鬥爭的發展壯大做出了突出貢獻。1949 65438+10月，任桂滇黔邊縱隊副司令員。他率領邊縱第三支隊，跳出外圍，向滇北進軍，配合滇北黨組織開辟了滇北新區，形成了對昆明的包圍，有力地配合了盤江兩岸的反“圍剿”鬥爭，促進了雲南武裝鬥爭的發展。同年7月，任滇、桂、黔邊區委員會執行委員兼滇、桂、黔邊區縱隊副司令員。他率部西進，調動敵人，迂回到八千多裏，打亂了敵人的部署；為了粉碎敵人西進逃往緬甸的企圖，指揮部炸毀了滇緬公路上的功果橋和匯通橋，切斷了敵人西進的退路，開辟了龍騰新區。1949期間，兩次代表邊縱與鹿晗代表會談，宣傳黨的政策，爭取鹿晗走和平起義道路，促進了雲南地方實力派親民。在昆明保衛戰中，他奉命率部馳援昆明，對起義部隊給予大力支持和配合。
1950年春，積極組織指揮邊縱部隊和部分起義部隊配合野戰軍進行滇南戰役，為雲南各族人民的解放事業做出了重要貢獻。
雲南解放後，歷任昆明警備司令部副司令員、雲南省公安廳廳長、解放軍第十四軍參謀長、南昌步兵學校副校長、雲南省軍區副司令員、雲南省委常委、雲南省政協統戰部部長、副主席、 雲南省主席、黨委書記，雲南省委黨史工作領導小組組長，第壹屆全國人大代表，第五、六、七屆CPPCC全國委員會委員。
1992 10月，不幸去世。