山東義和拳開展反教會鬥爭後，當地傳教士要求清政府嚴加鎮壓。山東巡撫張汝梅則建議清政府改義和拳為團練，以便控制，並將義和拳改名為義和團；毓賢繼任山東巡撫後，企圖瓦解分化義和拳，采取“分別良莠”的辦法，對參加義和拳的壹般群眾稱為良民，默許他們設廠練拳，對武裝反抗的人則誣蔑為“匪徒”，捉拿懲辦。張汝梅、毓賢的計劃雖未達到預期目的，卻有利於義和拳的發展。山東各地大刀會、紅拳會以及其他秘密結社的成員和壹般群眾紛紛參加義和團，使其成為具有廣泛群眾性的“滅洋”團體。
義和團的主要參加者是處於社會底層的勞苦大眾，貧困和愚昧使他們的反抗鬥爭只能沿襲過去農民起義利用秘密結社的辦法，采取設立神壇的方式發展組織，操練拳術，吸引群眾。義和團分乾、坎、艮、震、巽、離、坤、兌等八門。其中乾字號（以黃布為標記）和坎字號（以紅布為標記）力量最大（有些地方出現“中”字號）。但各個字號之上以及每個字號本身都沒有統壹的組織和集中的領導。義和團的基層組織是壇，又稱壇場或拳廠，是敬神、練拳、聚會、議事的場所。有的地方幾個或更多的壇口之上有總壇口，它們之間也無統屬關系。義和團的首領壹般稱為大師兄、二師兄、三師兄，也有稱總大師兄和祖師的。各壇口往往各自進行分散的鬥爭，但當需要聯合行動時，即使數百裏外，也派人接應，義和團參加者絕大部分是農民，其次是手工業者、舊式交通運輸工人、和尚道士、散兵遊勇，也有少數封建知識分子、中小地主和官吏，還有地痞、流氓卷入。義和團帶有濃厚的神秘主義色彩，用畫符念咒、請神附身等“術法”動員群眾，廣泛宣傳“持符念咒、神靈附體”來鼓舞鬥誌。他們信奉的神只除佛、道以外，還有小說、戲曲、民間故事中的神怪和人物。義和團散發各種傳單、揭帖，以樸素的語言和歌謠形式，進行驅逐侵略者、保衛國家的宣傳。同時這些傳單、揭帖中也帶有迷信落後意識和盲目排外的情緒。
早在1898年反教會鬥爭興起時，義和團就提出了“扶清滅洋”的口號。這個口號在初期曾吸引廣大群眾參加，壯大了義和團的聲勢，但同時也反映了義和團對清政府的模糊認識，以至後來因此受統治者的欺騙利用，最後被出賣。