元和、長慶年間(806-824)，摩尼教僧侶經常與回紇可汗議政，並作為回紇的官方代表被派往唐朝，權力達到頂峰。開城五年(840)，回紇被拓跋思所滅，唐朝隨即改變了對摩尼教的寬容態度。會昌三年(843)，沒收摩尼寺莊園的錢物，燒毀其書畫，流放其僧。大多數死者都被殺害了。會昌五年，武宗封禁佛教，同時封禁各種外來宗教，包括摩尼教。
摩尼教不為唐朝廷所容，但在西域五代北宋時期依然興盛。回鶻西遷，在吐魯番建立高昌王國。摩尼教仍然是國教，留下了大量各種語言的文獻、寺院、壁畫、微型畫和其他遺物。北宋第六年(981)被派往高昌的王彥德親眼目睹了那裏的摩尼寺的情況。西遷後，回鶻和於闐也派摩尼師出使中原。然而，佛教逐漸占了上風。13世紀中期蒙古征服塔裏木盆地時，摩尼教與佛教相比微不足道。
中原地區的摩尼教不得不依靠佛教和道教生存，並逐漸演變為秘密宗教，通常稱為祆教。摩尼教的葫蘆大師，逃離會昌法的困境，來到福建。“賜三山(福州)、油坊泉郡(泉州)，葬於北山郡腳下。”福建成為摩尼教在中國南方傳播的主要源頭。北宋至道教時期(995-97)，淮安學者李在京城開封的壹家蔔筮店裏花5000元買了壹尊摩尼像，從此摩尼像便在福建流傳開來。大中祥符九年(1016)和天璽三年(1019)，朝廷兩次奪取福州；政和七年(1117)和宣和二年(1120)，禮部向溫州發了兩個令，“都是宣取摩尼經，授與道藏”。真宗朝(998-1022)獻經典明教，福建學者林世昌受托福建文學。編入道經的摩尼教經典可能有老子的《胡靜》、《史明摩尼經》、《三際經二例》等。摩尼教在福建獲得了部分學者的信仰，依托道教，向合法化方向發展。
然而，摩尼教經常被指責為煽動叛亂的邪教。北宋太平興國(980)所作的《僧人簡史》將梁六年(920)的武邑之亂及後唐、石津(923-946)的相關叛亂歸咎於摩尼黨。宣和二年，方臘發動大規模農民起義，統治者震驚。他們嚴厲鎮壓各種宗教社團，重新制定禁令，制止江浙“食菜魔”，甚至追溯到溫州明教，摧毀其齋堂，懲罰其領導，並懸賞舉報。明人的特點是在每年正月日歷上的星期天集合服務員和聽眾。他們所讀的經書和畫像有《證經》、《圖經》、《廣日書》、《廣自證》、《妙水佛架》、《壹意佛架》、《壹書佛架》、《四天王架》等。
南宋時，壹些道士對吃菜與滅明教的關系認識不清。道長白玉蟾(約1215)的學生問他，在農村，有很多人為了明教而吃菜齋戒，這叫滅魔，也有人叫這是老先生的遺風，但是是嗎？沒有嗎？白玉蟾告訴他的學生壹些瑣羅亞斯德教的教義，主要是關於純潔、光明、力量和智慧。但是吃菜和殺魔和明教沒有區別。壹些佛教歷史學家把祆教和吃蔬菜聯系在壹起。洪邁的《簡毅誌》(11202)在1265所寫的《佛史》中引用說:食菜為魔，三山(福州)尤熱，謂之明教。佛陀身著白衣，又名摩摩尼。它在三際的名字叫二，它的修行者中午有壹頓飯，以七點為禮。壹些官員經常將祆教與其他宗教團體等同起來，並將其視為邪教。陸遊在紹興三十二年(1162)寫道，淮南是次子，浙江是摩尼教，江東是四果，江西是金剛禪，福建是明教，結地齋等等。有不同的名稱，明教是最流行的。就連學者、官員、軍人都是壹代壹代傳下來的。它的神名叫史明，也等同於肉佛、骨佛、血佛。白衣服黑帽子，俱樂部所在地。至於假妖像，至於刻配，則以政和中學道官程若卿(111-1165438)為校勘，福州府黃裳為監刻。陸遊說，年近三十的方臘是壹個班的。要求嚴懲，比張曉顯示的還要多，限期投降，懸賞搜捕，焚燒印經，放逐宣揚、書寫、印刷、出版拜火教等邪典的人。
元代泉州有壹個總管，管理明教和欽教(景教)。凱爾波羅和他的叔叔在1292年到達福州時，當地壹個不知名的教派可能是摩尼教。明太祖洪武(1368-1398)寫了壹道詔書，立法禁止各種異端邪說，包括對摩尼教的崇拜。據浙江省調查，熊鼎以明教之俗眩惑天下，為國為名，號召沒收其財產，為民驅走。明太祖可能是因為這個紀念，太明教強行把國家的名字貼在門上，拒絕了它的弟子，並摧毀了它的宮殿。商務部部長庾信和禮部部長楊龍把它留下了，所以他不得不忽略它。雖然大清律和安南律都沿襲了明律，繼續禁止牟尼明尊教，但有大清和安南的地方未必真的有摩尼教活動。