到達日本後，孫中山對之前的失敗進行了徹底反思後認為：
——“二次革命”之所以失敗，敗就敗在國民黨的黨組織不夠堅強，壹盤散沙，政令難行。
基於這樣的反思認識，孫中山決定重起爐竈，廢掉國民黨，再造壹個新黨。
1914年春，孫中山親自確定名為中華革命黨開始正式籌建。
而黃興則堅持只對國民黨進行改組重建就好，不需要重建新黨。
孫黃兩人為此各執己見，最終政見不合、分道揚鑣，黃興出走美國。
那麽，這個中華革命黨，到底是個什麽組織，能讓黃興不惜與孫中山鬧掰呢？
按照孫中山的設想，中華革命黨是這樣壹個組織：
中華革命黨黨的宗旨：民權主義、民生主義。
與人人皆知的“三民主義”相比，孫中山舍棄了原先的“民族主義”，在辛亥革命逼迫滿清退位後，原先民族主義“驅除韃虜”的靶子已經不復存在了，中華民族這個概念已經成形。
如果再強調“民族主義”，矛頭就只能是對著非中華民族的列強了，而在日本提這樣的口號，顯然不太合適了。
中華革命黨的黨章則是這樣規定的：
在將來革命政府成立到憲法頒布前的整個革命時期，全部國家權力都歸中華革命黨黨員所有，壹切非黨員都沒有公民資格。
而即使是中華革命黨的黨員，也要根據入黨時間的先後，分為以下三等，分別享有不同的政治權利：
壹等黨員為首義黨員：指所有在“三次革命”爆發前入黨者。
在革命期內，身份為元勛公民，享有壹切參政、執政的優先權，說直接點，將來都有官做。
二等黨員為協助黨員：指所有在“三次革命”爆發後，革命政府成立前入黨者。
在革命期內，身份為有功公民，享有選取權與被選取權。
三等黨員為普通黨員：指所有在革命政府成立後入黨的。
在革命期內，身份為先進公民，只有選舉權，沒有被選舉權。
孫中山這種以入黨時間為標準，將黨員分為三六九等的做法，受到了黃興強烈的反對，黃興認為：
將黨員分成不同等級，以“權利相號召”，這和袁世凱以金錢、官位使喚官員的做法，有什麽兩樣呢？
如果革命只是為了建設這樣壹個社會，那革命已經遠離了它的本旨。
而除了這些之外，更讓黃興難以接受的，是入黨宣誓與按指印儀式。
孫中山在黨章中規定，黨員入黨宣誓詞為：
——願犧牲壹己之生命、自由、權利，附從孫先生再舉革命。
如此壹來，中華革命黨便成了孫中山的私人組織，而不是壹個真正意義上的現代政黨組織了。
除了這樣的宣誓詞外，黨章還規定，每個入黨黨員，都必須在誓約上按上自己的指紋，並表示：
——永守此約，至死不渝，如有二心，甘受極刑。
黃興認為：宣這樣的誓詞，按這樣的指印，實在有辱黨員人格。
這樣的做法也受到了其他老同盟會會員的強烈反感，後來胡漢民提出壹個妥協方案：
——將誓詞中的“附從孫先生”改為“附從總理”，老同盟會會員可以免打指印。
但即使是這樣的方案仍被孫中山拒絕。
黃興見孫中山壹意孤行要建這樣的中華革命黨，便堅決拒絕入黨。
兩人於是因此徹底鬧翻。
1914年5月29日，孫中山給黃興寫了壹封信，歷數了他對黃興的種種不滿，最後對黃興提出這樣的要求：
——妳可以不入我的中華革命黨，但請妳不要幹擾我的革命事業。
信件原文為：
——有壹極要之事求兄解決者，則望禁止兄之親信部下，對於外人自後絕勿再言‘中國軍界俱是聽黃先生之令，無聽孫文之令者，孫文所率者不過壹班無知少年及無飯食之亡命者耳’！
——今後弟（孫中山自稱）欲為真黨魁，不欲為假黨魁。
孫中山言外之意明顯便是：
——這麽多年來，我孫中山壹直是個“假黨魁”，而妳黃興才是“真黨魁”啊！
6月27日，黃興與孫中山在日本話別，去了美國。
臨別之際，孫中山送了黃興這樣兩句話：
——安危他日終須杖，甘苦來時再***嘗。
對於黃興，孫中山雖然與他政見不合而分，但在內心深處，還是有著深厚的依賴之情。
7月8日，中華革命黨正式在東京成立，孫中山任總理壹職。
孫總理特別在總理之下，特地為不肯入黨的黃興設了協理之位。
但壹直到1916年7月中華革命黨宣告停止壹切黨務時，這個壹人之下、萬人之上的高位，都沒能待到它的主人——黃興。
其實，黃興從來都不曾想當什麽真黨魁，如果非要在孫中山之外找出壹個真黨魁來，那只能是1913年3月遇刺的宋教仁。