故事發生在蘇美冷戰時期，本遊戲分為“貞潔行動（Virtuous Mission）”與“食蛇者行動（Operation: Snake Eater）”兩個部分。前者即為遊戲的序幕部分，是讓玩家熟悉本作操作與環境的部分。 01 內克德·斯內克（Naked Snake、ネイキッド?スネーク）
配音演員（日）：大冢明夫；（英）: David Hayter
代 號：Naked Snake
姓 名：John
昵 稱: Jack
性 別：男
年 齡：30
國 籍：美國
誕生日：未知
出生地：未知
本作品的主角。是The Boss最後的弟子，他從The Boss那裏學到了所有的戰鬥技術，不但敬重The Boss，也深深的愛著她。內克德?斯內克真名叫約翰(John)，“裸蛇”是其在虛擬實戰代號“食蛇者行動”中使用的代號。在遊戲的結尾，他被授予“THE BOSS”的稱號，在未來的遊戲時代中他將成為”BIG BOSS”。他，擁有比擁有壹切力量的人更加頑強的戰鬥作風。是壹個固執但高度獨立的英雄。狐貍部隊（FOX-- Force Operations X）是內克德?斯內克所隸屬的特別行動小組，在20世紀末將會成為只身潛入與破壞行動為特色的特種部隊──獵狐犬（FOX-HOUND），是後來內克德?斯內克的克隆體索利德·斯內克（Solid Snake）的所在部隊。
02 湯姆少校（ゼロ少佐、トム少佐；Major Tom、Major Zero）
配音演員（日）：銀河萬丈；（英）：Jim Piddock
代 號：Major Tom
姓 名：David Oh
性 別：男
年 齡：55
國 籍：英國
誕生日：1909年12月8日
出生地：埃克塞特
Snake的頂頭上司，FOX Unit的負責人，對於007電影有莫名的執著。真實的名字是大衛·奧，在狐貍部隊，他已認識總指揮-零。他曾在虛擬實戰任務中提到過諸如總指揮湯姆（Major Tom）的相關事情，但是他的代號，是在此次事件中才開始使用的。其作用是利用無線電傳輸在執行任務中提供情報。他從屬於NSA（美國國家安全局），同時也是狐貍部隊的指揮官。他是英國人，宛若地道的英國紳士。50多年來壹直單身未婚。在冷戰時期，為了收集情報，他建立了機密特別行動小組──FOX。
03 帕拉·梅迪奇（Para-Medic、パラメディック）
配音演員（日）：桑島法子；（英）：Heather Halley
代 號：Paramedic
姓 名：未知
性 別：女
年 齡：20
國 籍：美國
誕生日：1936年6月22日
出生地：未知
在“貞潔行動”與“食蛇者行動”中，擔任Snake的醫療與野地求生顧問的護校新畢業生。在她的20年的生涯中曾離過婚。 她是FOX成員，有著如同母親壹樣慈愛的面容。
04 情報先生（Mr. Sigint、シギント）
配音演員（日）：藤原啟治；（英）：James C. Mathis III
代 號：Mr.Sigint
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：20
國 籍：美國
誕生日：未知
出生地：未知
他將會是壹個史密斯式的角色，21世紀年輕的非洲裔美國的男性（時間悖論）。 他是計算機狂人。食蛇者行動中任FOX成員，當Sigint經由無線電傳輸保存在Snake身上的定位系統中。 在相關歷史或秘密武器解釋而且在該如何處理特定的敵人上他會提供忠告。身為NSA（美國國家安全局）成員，他熟悉大多數的尖端電子偵察技術。在“食蛇者行動”中擔任Snake的武器與裝備顧問，後來成為DARPA的技官。Sigint真正的意思是Signal Intelligence。
05夏娃（EVA、タチアナ、ターニャ）
配音演員（日）：渡邊美佐；（英）：Suzetta Miñet
代 號：Tatyana
姓 名：EVA
性 別：女
年 齡：20
國 籍：美國
誕生日：未知
出生地：未知
夏娃是壹名間諜，也是Snake的支援力量。1960年與亞當（ADAM）壹起逃亡到蘇聯。她滲透進克格勃（KGB、蘇維埃國家安全局），取名正是蘇庫洛夫喜愛的名字泰亞娜。她總是想博得Snake的好感，然而卻受到拒絕。Snake不知道她有雙重身份，另壹個身份是中國“哲人學校”訓練的間諜。她利用蘇庫洛夫去支援Snake，她是前任NSA（美國國家安全局）的密碼分析專家。這個美麗性感、金發碧眼的美女身為索科洛夫的助手同時也滲透入格勒烏（GRU）逐漸的她也成為了格勒烏指揮官沃爾金上校的情人，是壹個像狐貍壹樣狡猾的女人！
06 耶格尼?波利所維奇?沃爾金（エヴゲニー?ボリソヴィッチ?ヴォルギン、Yevgeny Borisovitch Volgin）
配音演員（日）：內海賢二；（英）：Neil Ross
代 號：Thunderbolt
姓 名：Ephgeny Volgen
性 別：男
年 齡：50
國 籍：蘇聯
誕生日：未知
出生地：未知
蘇聯赫魯曉夫內的主戰派軍官，格勒烏（GRU）首領，上校軍銜，好戰份子，在遊戲中扮演反面角色。他的代號是Thunderbolt，擅長對人進行拷問以及用刑……憑借繼承來的壹筆神秘組織的資金（據說是他的父親生前經營洗錢買賣所留下的遺產），他在Glasnigrad建立了壹座巨大的基地，並吸收了THE BOSS的眼鏡蛇部隊以及Brezhnev（博列日涅夫）的軍事派系，用以來尋求極端的政治。他是雙性戀，愛著兩個人，壹個是他的下屬伊萬?萊德諾維奇?萊科夫（Ivan Raidenovitch Raikov），另壹個就是夏娃（EVA）。作為敵方角色，他不但是戰略總指揮，也是拳擊冠軍。
07 山貓（Ocelot、オセロット）
配音演員（日）：山崎たくみ；（英）：Joshua Keaton
代 號：Ocelot
姓 名：Adam
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：蘇聯
誕生日：未知
出生地：未知
格勒烏（GRU）山貓小隊（Ocelot Unit）指揮官，The Boss的兒子。軍階為少校，在沃爾金上校的叛亂中隸屬指揮。也是於前兩代中登場的左輪山貓（Revolver Ocelot）及4代中登場的液體山貓（Liquid Ocelot）。外表英俊，內心純粹，行為灑脫。並且早已成為GRU青年近衛軍的首領。他稱自己是英雄之子而自居。起初在虛擬實戰任務中Snake在他的下屬面前羞辱了他，從此這就成了為什麽他總是和Snake家族過不去的原因了。然而面對Snake他又總是以失敗告終…
08伊萬?萊德諾維奇?萊科夫（イワン?ライデノヴィッチ?ライコフ，Ivan Raidenovitch Raikov）
配音演員（日）：堀內賢雄；（英）：Charlie Schlatter
代 號：Raidenovich
姓 名：Ivan Raikov
性 別：未知
年 齡：20
國 籍：蘇聯
誕生日：未知
出生地：未知
作為GRU中尉，他是集團組織的骨幹力量，也是沃爾金上校的情人之壹。其他具體資料不明。角色造型純粹在惡搞MGS2的雷電，除此之外與該角色毫無關系。
09 尼古拉斯?斯帕諾維奇?索科洛夫（ニコライ?ステパノヴィッチ?ソコロフ、Nicholas Sokolov）（配音演員（日）：龍田直樹；（英）：Brian Cummings）
代 號：Director Sokolov
姓 名：Nicholas Sokolov
性 別：男
年 齡：50
國 籍：蘇聯
誕生日：未知
出生地：未知
蘇聯科學家，本作中核武兵器（Shagohod）的主要設計者，設計風格保持傳統輪式坦克戰車風格，因恐懼自己的發明，迫切希望離開蘇聯。逃到柏林墻以西尋求庇護，但是在古巴導彈危機中，被迫引渡回蘇聯。Snake 作為他的保護者，任務就是帶他逃離核搭載步行戰車計劃設計組織和赫魯曉夫的私人隸屬部門克格勃（KGB、蘇維埃國家安全局）的威脅。他身體修長瘦弱，似乎是緊張顯得總是勉勉強強。
10 亞歷山大?裏昂諾維奇?戈蘭寧（アレクサンドル?レオノヴィッチ?グラーニン、Aleksandr Leonovitch Granin）（配音演員（日）：青野武﹔（英）：Jim Ward）
代 號：Director Glanin
姓 名：Alexander Leonovich Glanin.
性 別：男
年 齡：60
國 籍：蘇聯
誕生日：未知
出生地：未知
他是另壹位俄國科學家，是壹個身材短小有很胖的人。作為Kosygin派系成員（Alexsei Kosygin--亞列克斯賽·柯錫金*1904-1980*，布裏茲涅夫時代的蘇聯總理）他在Glasnigrad研究計劃中充當顧問，並由GRU給予經費贊助。也是兩位雙足步行戰車（即MGS1中登場的核武戰車）設計者，其設計非常獨到，當時索科洛夫設計的是傳統的輪式戰車，但戈蘭寧就已經設計出了新壹代兩位雙足步行的戰車，足以看出其設計理念的超前。另外對於伏特加他有特別的偏好。然而，對於不明力量妄圖將核子能源力量納入他的雙足步行戰車使他非常之煩惱，因此他的設計最終沒有被高層采納，從遊戲中與Snake的對話中可以看出其對高層的不滿以及對索科洛夫設計的不屑。
11、強尼（Johnny）
代 號：Johnny
姓 名：Johnny Sasaki
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：美國
誕生日：未知
出生地：美國
Johnny是SNAKE被捕入獄時的牢房守衛。他親切平和，平易近人，以朋友的態度對待SNAKE。冷戰開始之前，他居住於美國，擁有妻子與兒子的美好家庭。對於他的兒子（MGS1中相同名字的角色）也是看守索利德·斯內克（SOILD·SNAKE）的守衛。然而與他的父親壹樣，他也成了與他父親的比較對象。
12、林登·貝恩斯·約翰遜（リンドン?ベインズ?ジョンソン、Lyndon Baines Johnson）（配音演員（日）：中江真司；（英）：）
代 號：President Johnson
姓 名：Lyndon B. Johnson
性 別：男
年 齡：未知（1908~1973）
國 籍：美國
誕生日：1908年8月27日
出生地：德克薩斯
美國第36任總統，生於德克薩斯州，1948年當選參議員，1951年成為民主黨議員領袖。1960年被提名為民主黨總統候選人，競選獲勝。1963年11月12曰，肯尼迪遇刺身亡，約翰遜繼任總統。繼任後，他提出有關人權、減稅、反窮困和資源保護的立法，得以批準。1964年競選連任成功。他提出了建立“偉大社會”的口號，並出臺了壹些實際措施，也取得了某些成效。但他因襲前屆政府的政策，並且擴大了印支戰爭。1965年，還派兵對多米尼加***和國進行了幹預。特別是擴大印支戰爭，受到美國人民的強烈反對。約翰遜為了擺脫困境，不得不與印支方面進行談判，以便結束戰爭。在他去世的第二天，越南停戰協定在巴黎簽字。遊戲中在赫魯曉夫在確認美國於核事件無關時，在遊戲尾聲出現……
13、尼基塔·謝爾蓋耶維奇·赫魯曉夫（ニキータ?セルゲーエヴィッチ?フルシチョフ，Nikita Sergeyevich Khrushchyov）（配音演員（日）：鹽屋浩三；（英）：）
代 號：President Khruschev
姓 名：Хрущев Никита Сергеевич
性 別：男
年 齡：未知（1894~1971）
國 籍：蘇聯
誕生日：1894年4月17日
出生地：未知
原蘇聯領導人。 從1953年9月7日至1964年10月14日，任蘇***中央第壹書記，蘇聯國家最高領導人。 美蘇核對抗，冷戰期間的蘇聯主要領導人。第二次柏林危機，古巴導彈危機等事件的主要策劃者。在蘇***二十大上，赫魯曉夫通過秘密報告的方式，揭露了斯大林在大清洗中的行為，引起震驚。 有人說他是“魯莽的改革家”。他在古巴導彈危機期間和美國籍的肯尼迪總統處理秘密的協議。他利用前夕藉身為克格勃（KGB、蘇維埃國家安全局）的間諜和他合作，作為KGB頭號領導人，赫魯曉夫在GRU的合作表現的極為親密。在蘇聯Tselinoyarsk的核爆後，與美國約翰遜總統通過熱線，委托沃爾金上校和The Boss的暗殺行動。 01、頭領（The Boss、ザ?ボス，The Joy）（配音演員（日）：井上喜久子；（英）：Lori Alan）
代 號：THE BOSS
姓 名：未知
性 別：女
年 齡：37
國 籍：美國
誕生日：未知
出生地：英國
她服務於執行虛擬實戰任務的FOX部隊，她通過無線電傳輸在虛擬實戰任務中給與SNAKE幫助。沒有人知道她的真實身份，她是壹位完美的戰士，年近40依舊單身。作為山貓（Ocelot）的母親，她曾在二戰中率領其組建的眼鏡蛇特種部隊參加了諸如諾曼底登陸等重大戰役，與英國特種空勤團（SAS）特種部隊、美國綠色貝雷帽部隊以及海豹特種部隊戰鬥在戰爭最前線，而且在各國情報部門特種部隊傳奇性軍人名單中榜上有名。如今她正在計劃壹只新的特別力量作戰團體。THE BOSS是SNAKE的老師，也是他唯壹深愛的人。在前往蘇聯執行任務期間，因沃爾金制造的核暴事件成為了美國與蘇聯談判的犧牲品，最終死於徒弟Snake的槍下，享年37歲。
02、悲哀（The Sorrow、ザ?ソロー）（配音演員（日）：堀之紀；（英）：David A. Thomas）
代 號：The Sorrow
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：未知
誕生日：未知
出生地：未知
眼鏡蛇部隊前役成員，已陣亡。他是THE BOSS的丈夫、山貓（Ocelot）的父親。在戰爭中他犧牲自己的生命挽救THE BOSS於危難。他的屍體仍在 Cherno Yarsuki 的壹座橋下長眠（“貞潔行動”中Snake被打落至橋底時看到的白骨就是他的遺體）。當他成為壹個幽靈時，就永遠伴隨著THE BOSS戰鬥。他擁有哲學家的智慧以及思想。當他的內心受到戰鬥的影響時候，他是非常脆弱的。悲傷能使用他的精神力量分析敵人，而且能召喚死者為之戰鬥。是Snake在遊戲中唯壹壹個不用攻擊就能通過的BOSS。
03、痛苦（The Pain、ザ?ペイン）（配音演員（日）：江川央生；（英）：Gregg Berger）
代 號：THE PAIN
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：未知
誕生日：未知
出生地：未知
眼鏡蛇部隊現役成員。 他有操縱大量馬蜂的能力。他將女王蜂養殖在背包內，使用她的蜂音引導其他工蜂。他的身體也布滿了馬蜂。當它們被釋放時，他將手裏的蜂窩像手雷壹樣投擲出去。進入壹群蜂群內會產生爆炸。痛苦在他的身體裏培植毒性的“子彈馬蜂”。 當他除去的面罩時，子彈馬蜂從他的嘴裏噴射出來。壹只子彈馬蜂，可以達到真實子彈的射擊速度。
03、恐懼（The Fear、ザ?フィアー）（配音演員（日）：田中和實；（英）：Michael Bell）
代 號：THE FEAR
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：未知
誕生日：未知
出生地：未知
眼鏡蛇部隊現役成員，手和腿比壹個正常人長，而且他攀登樹有很多如同蜘蛛行動的相同方式。他能從關節取出四肢而且向後彎曲它們。恐懼能快速地在樹之間作高速移動，就像是蜘蛛化了的人類。他有壹條如同兩棲類生物壹樣的舌頭（經過外科手術分岔）而且能用它抓取東西。
04、死亡（The End、ジ?エンド）（配音演員（日）：阪脩；（英）：Grant Albrecht）
代 號：THE END
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：100
國 籍：未知
誕生日：未知
出生地：未知
TEH END是壹個暗示“死亡”的密碼名稱，也就是這位近百歲的眼鏡蛇部隊成員。他是眼鏡蛇部隊裏資格最老的成員，THE BOSS的狙擊技術就是原自他的教導，這位在19世紀60年代出生的傳奇性狙擊手，很快就會迎來他100歲的生日。他是現代狙擊技術的鼻祖，從秘密潛入、埋伏打擊到作戰指揮。依靠寄生在身體中的青苔為生的他，就是壹個活生生的奇跡.通過苔蘚與陽光產生光合作用來獲得能源，導致他可以不進食就可以在戰場上生存。
05、憤怒（The Fury、ザ?フューリー）（配音演員（日）：平野正人；（英）：Richard Doyle）
代 號：THE FURY
姓 名：未知
性 別：男
年 齡：未知
國 籍：未知
誕生日：未知
出生地：未知
眼鏡蛇部隊現役成員。憤怒穿著壹套黑色的蘇聯制作的宇航員制服，將防火器具作為替換。 他對於火焰噴射器的使用造作非常熟練。暗戀THE BOSS的他，對於宇航員的外太空空間作業很有經驗，但是當穿過大氣層時遭受了摩擦沖擊，身體全部被灼傷，致使神經遭到壓迫失去痛覺，從此沈默寡言。他活在仿佛像火焰壹樣的怒火中。當他摘下面具，會是壹張猙獰痛苦的臉。