乾隆四十年(1775年)，河南白蓮教支派混元教首領劉松起義失敗，弟子劉之協、宋之清等繼續於川、楚、陜等地傳教。五十八年，劉之協於河南被捕後脫走，清廷通令大索州縣，激起民怨。白蓮教以官逼民反相號召，得到廣大農民的支持，教眾迅速發展 。
乾隆六十年，湖北各地白蓮教首，秘商在“辰年辰月辰日”（嘉慶元年三月初十）***同起事，讓教徒制備刀把火藥。白蓮教的迅速發展和其反清內容，引起了清政府的嚴重不安，遂下令大規模搜捕白蓮教徒。大批教首、教徒被捕遇害，地方官則以查拿邪教為名，行敲詐勒索之實。“不論習教不習教，但論給錢不給錢”，“不遂所欲，即誣以邪教治罪”。各地教首遂以“官逼民反”為口號，號召教徒奮起反抗。嘉慶元年正月初七（1796年2月15日），湖北宜都、枝江壹帶首領張正謨、聶傑人等因官府查拿緊急，被迫提前舉義。長陽、來鳳、當陽、竹山等縣教徒接踵而起。三月初十，襄陽地區的教徒，在王聰兒、姚之富等率領下，按原定日期起義。各路起義軍，互不相屬，各自為戰，所據山寨或縣城，多被清軍各個擊破。唯有襄陽起義軍采取流動作戰的策略，力量迅速壯大，成為湖北起義軍的主力。在湖北白蓮教起義影響下，四川各地的白蓮教徒也紛紛響應。九月，達州教首徐添德，東鄉（今四川宣漢）教首王三槐、冷天祿等皆各率眾起義。 二年初，襄陽起義軍又開始了大規模流動作戰，轉戰於湖北、四川、河南、陜西，後分三股進入四川。清軍只尾隨其後，疲於奔命。七月，四川起義軍被清軍圍困，襄陽起義軍趕到解圍，在東鄉與四川起義軍會師。各路起義軍按青、黃、藍、白分號，設立掌櫃、元帥、先鋒、總兵等職。然而，小生產者固有的分散性與保守性，使起義軍並未真正聯為壹體，各股仍然各自為戰，分散行動。
三年三月，襄陽起義軍在湖北鄖西被清軍包圍，首領王聰兒、姚之富跳崖犧牲，余部仍繼續鬥爭。四川起義軍也受到重大損失。余部在張漢潮等率領下，與四川義軍聯合 。
四年，清廷以勒保為經略大臣，明亮、額勒登保為參贊大臣，節制川、陜、楚、豫、甘五省官軍進擊，並曉諭州縣辦團練，依山隘寨堡，扼守要路，堅壁清野，攻撫並施，使義軍處境艱難，張漢潮等相繼犧牲。年底，義軍首領冉天元率部由陜返川，大敗額勒登保部 。
五年正月，又聯合各路義軍搶渡嘉陵江，於蓬溪再敗清軍，斬總兵朱射鬥。不久，集兵江油，以伏擊再敗清軍，後因地主團練增援，冉天元被俘殺，余部萬余人南下川西腹地，成都戒嚴 。 五年三月以前，起義軍處於發展、壯大階段。起義軍因得到各地人民的支持，所到之處，“有屋舍以棲止，有衣食、火藥以接濟，有騾馬芻草以奪騎更換”，且有各地教徒“為之向導負運”，多次重創清軍，嘉慶五年四月四川江油馬蹄岡戰役以後，起義始轉入低潮。人數從十幾萬減至幾萬人，許多重要將領相繼犧牲。清政府的“堅壁清野”與“寨堡團練”之策，已逐漸推廣並發揮作用。通過築寨堡、並村落，令百姓移居其中，將民間糧秣給養充實其內，又訓練丁壯，進行防守，從而切斷了起義軍同人民間的聯系，使之無法得到糧草與兵源的補充，力量日漸枯竭。
嘉慶六年下半年，起義軍活動基本上只限於川楚陜邊境地區，轉戰在萬山老林之中，人數已不超過兩萬四千，而圍剿的清軍，則十倍於此。起義軍在極端艱苦的條件下，堅持戰鬥，至九年九月，起義終告失敗。