在英國，受漢薩同盟的啟發，愛德華三世逐漸產生了與之競爭的想法，從壹個純粹的羊毛出口地變成了呢絨制造地。他直接從佛蘭德斯招募紡織工人，建立了英國自己的毛紡工業。玫瑰戰爭的爆發在壹段時間內保持了漢薩同盟在英國的特權。到了亨利七世時期，英國開始禁止貴金屬的直接出口，並要求漢薩同盟商人用所得利潤購買英國本土產品。到伊麗莎白壹世時期，漢薩同盟已經被剝奪了在英國300多年的商業特權。伊麗莎白壹世認為漢薩同盟的航運力量與英國五港同盟直接競爭，五港同盟長期以來壹直是軍艦的來源和英國海軍的後盾。1598 65438+10月13、伊麗莎白壹世下令逮捕了60艘與英國的敵國西班牙進行貿易的漢薩商船。漢薩商人為此在呂貝克召開會議，以便采取壹致行動打擊英國的出口貿易。伊麗莎白得知消息後，沒收了英國所有漢薩船只及其貨物，關閉了倫敦貿易站。隨後她宣稱自己“極其蔑視漢薩同盟及其壹切行為”，這宣告了漢薩同盟與英國持續300多年的商業往來的最終終結。
在佛蘭德斯，15世紀強大的勃艮第公國和16世紀崛起的美國，通過修建安特衛普港和鼓勵海盜襲擊威脅漢薩同盟。1451年，漢薩商人放棄布魯日，遷往安特衛普。荷蘭憑借優越的地理位置和眾多的港口、河流條件，取代了漢薩同盟商船隊“海上馬車夫”的地位，壟斷了西歐的商業航運。此外，15世紀鯡魚漁場從波羅的海轉移到北海後，呂貝克損失巨大，而荷蘭卻變得富有。1593年，安特衛普貿易站關閉，宣告了漢薩同盟在佛蘭德斯活動的結束。
在瑞典和丹麥，1397年建立的卡爾馬聯盟嚴重削弱了漢薩同盟的影響力。丹麥女王瑪格麗特壹世迫使漢薩同盟放棄對丹麥的直接政治控制，交出同盟占領的要塞，廢除同盟對丹麥領土征收的稅收。她還支持海盜對漢薩商船發動襲擊。漢薩同盟支持瑞典的叛亂，但瑞典國王古斯塔夫·瓦薩壹登基就與呂貝克斷絕了關系。
在波羅的海東部，漢薩同盟的傳統盟友條頓騎士團在15至16世紀開始衰落，俄羅斯帝國和波蘭王國借此機會采取了損害漢薩同盟利益的措施。1478年，俄國沙皇伊凡三世占領諾夫哥羅德，驅逐了所有漢薩商人。
在漢薩同盟內部，由於同盟本身是壹個由多個城市組成的松散聯盟，其成員視自身利益高於同盟的大利益，面對錯綜復雜的利益威脅，內部分歧開始出現，壹些成員城市試圖通過損害其他城市的利益來獲得統治地位。科隆勾結英國換掉呂貝克，漢堡也試圖利用呂貝克和丹麥的爭端。此外，自17世紀以來，德國多次成為國際戰爭的戰場。三十年戰爭中，德國又經歷了壹次高度的毀滅，人口和牲畜急劇減少，對漢薩同盟的經濟基礎造成了沈重的打擊。1669年，最後壹次漢薩同盟代表大會在呂貝克召開。羅斯托克、不倫瑞克、科隆、漢堡和不來梅等城市都派代表參加，但此時聯盟已名存實亡。會議結束後，許多城市宣布脫離漢薩同盟，最後只剩下呂貝克、漢堡和不來梅三個城市仍作為“弗羅因德·漢瑟斯塔特”。
拿破侖戰爭給漢薩同盟帶來了最後的打擊。漢堡、呂貝克、不來梅的商船被封鎖歐洲大陸的英國海軍消滅，呂貝克從此徹底衰落。漢堡和不來梅在19世紀借助德意誌帝國的崛起獲得了新的商業中心地位。1937年，為了報復呂貝克早年禁止他發表競選演說，希特勒取消了呂貝克的“漢薩自由城”稱號，將其並入大漢堡。
漢薩同盟的口號是“內部統壹，外部和平”(拉丁文:CONCORDIA DOMI，FORIS PAX)。就其政治性質而言，漢薩同盟只是壹個松散的城市聯盟，而不是同盟國家。聯盟沒有成員名冊，沒有防禦政策，沒有對所有成員城市都有約束力的法律，也沒有聯盟所有成員都參與的戰爭。理論上，聯盟每三年在呂貝克舉行壹次飲食會，開幕日期壹般在復活節前後，稱為“Hansetag”。然而，實際上，會議的數量在逐年減少。從1363到1550，壹共開了53次議會，前87年開了34次，後60年開了12次，最後40年才開了7次。壹些沒錢參加會議的貧困城市委托其他城市代表自己的城市。如果他們三次不能派出代表，他們將被開除出工會。
漢薩會議的內容主要包括審查不參加會議的城市提交的申請；外國漢薩貿易站問題探討:宣戰，訂立合同；保護陸地和海上道路；開辟新的商業電臺；裁定貨幣兌換和度量衡；處理滯銷商品；解決相關的金錢問題；聽取漢薩商人對其待遇的抱怨，對不遵守盟約的城市和商人發出警告和規勸。