2000年，實德俱樂部收購了毅騰俱樂部，馮瀟霆再度迎來了足球生涯的又壹個春天。2002年，年僅17歲的他在進入實德預備隊僅幾個月後就披上了國少的戰袍。
四川冠城
2002年，只有17歲的馮瀟霆隨徐弘壹起從賽德隆加盟四川冠城。馮瀟霆到冠城實屬偶然，當時實德預備隊在成都蒲江基地訓練，他良好的身體素質和成熟的防守技巧馬上吸引了少帥徐弘。在2002年甲A聯賽開始時，馮瀟霆已經憑借自己的能力和技術坐穩了隊中的主力中後衛位置。
馮瀟霆在四川冠城創造了兩個甲A紀錄，壹是在2003年7月3日，四川冠城和遼寧隊的比賽中，馮瀟霆在第85分鐘接鄒侑根輕輕擺渡，得球後沒做調整便順勢射門將球打入，成為甲A聯賽歷史上最年輕的射手；二是在2003年8月客場四川冠城和山東魯能的比賽老隊長鄒侑根缺陣的情況下，馮瀟霆戴上了隊長袖標，成為甲A歷史上最年輕的隊長。 馮瀟霆在四川冠城***效力32場，踢進2球。
大邱FC
2009年2月17日，馮瀟霆從青島啟程奔赴韓國，與新東家大邱FC隊會合，征戰新賽季的K聯賽，而大邱FC俱樂部也在俱樂部官網宣布了馮瀟霆的加盟。
2009賽季，馮瀟霆在大邱FC隊***效力19場。
全北現代
2010年2月1日，2009賽季韓國K聯賽冠軍全北現代隊官方宣布，中國球員馮瀟霆加盟球隊。
2010賽季，馮瀟霆在全北現代隊***效力11場。
廣州恒大
2010年12月25日下午，恒大正式宣布張琳芃、楊君、馮瀟霆和姜寧四名隊員正式加盟。
2011賽季，馮瀟霆***為廣州恒大出場27場，有2粒進球。跟隨球隊在中超第壹年即奪冠。
2012年5月1日，廣州恒大主場1：3不敵全北現代。馮瀟霆的個人失誤，就被對方在連續三次打空門的混戰中扳平了比分。馮瀟霆在對手第三次射門時，選擇出現常識性錯誤，沒能站到球飛行線路上，而且壹直是躺在地上。 2012賽季亞洲冠軍聯賽，在1/4決賽時恒大以2：1領先的情況下被伊蒂哈德足球俱樂部連進三球，以2：4慘遭逆轉告負。本場比賽，因傷休戰20天後復出的中後衛馮瀟霆對失利負有主要責任，對方四個進球均來自於他的防守失誤，以致於球隊兩次領先兩次被追平，最後被逆轉，痛失好局。 廣州恒大客場與長春亞泰的競賽終了後，馮瀟霆膝傷加重，在這以後足足壹個星期，都沒能隨隊加入訓練。 2012賽季，馮瀟霆***為廣州恒大出場19場。並獲得聯賽和足協杯雙料冠軍。
2013年隨廣州恒大俱樂部獲得亞冠聯賽冠軍。 世俱杯首戰，廣州恒大俱樂部憑借埃爾克森和孔卡的進球，以2：0戰勝阿爾阿赫利闖入四強。2013年世俱杯首場半決賽在摩洛哥阿加迪爾體育場進行，亞冠冠軍廣州恒大俱樂部出戰歐冠冠軍拜仁慕尼黑足球俱樂部。經過90分的激戰，拜仁以3：0完勝，輕松晉級決賽。 2013年12月22日，廣州恒大2：3不敵米內羅競技，獲得本屆世俱杯第四名。馮瀟霆在3場比賽中均有出場。 2013年，馮瀟霆跟隨球隊獲得聯賽和亞冠雙料冠軍。
2014賽季，馮瀟霆***為廣州恒大出場23場。再次跟隨球隊獲得聯賽冠軍。 2003年，馮瀟霆就成為了成年國家隊員（包括國奧隊），同時，他也是第壹個國足、國奧和國青的三棲球員。
2004年，中國壹隊在首屆“08之星”國際足球對抗賽中以3：1戰勝韓國隊並獲得本次比賽冠軍。
2005年出征荷蘭世青賽的中青隊當中，馮瀟霆是絕對主力，同時也是隊中的場上隊長。之前受傷的他目前已經恢復到了最佳狀態。在世青賽期間表現出色，跟隨球隊壹起殺進了16強，平世青賽的最好戰績紀錄。馮瀟霆以出色的表現被評為“世青賽十大新星”。
2006年12月3日晚，國奧在亞運會小組賽第二輪比賽中對陣馬來西亞隊。比賽進行到第69分鐘，國奧前場斷球後發動進攻，馮瀟霆在接到陳濤的傳球後大力施射進球，幫助中國隊鎖定勝局。
2008年，馮瀟霆代表中國男足國奧隊參加北京奧運會。
2012年6月初，中國男足0：1小負西班牙男足，廣州恒大的國腳馮瀟霆發揮十分出色，賽後傳出消息說有兩家德甲俱樂部相中了他。
2010年，馮瀟霆代表中國男足國家隊參加東亞四強賽，並在2月10日3：0擊敗韓國隊的比賽中發揮出色，幫助中國男足經歷32年後再壹次打敗韓國隊。2010年南非世界杯預選賽，馮瀟霆在杜伊和福拉多手下偶有出場。
2015年3月，馮瀟霆回歸國家隊，戴隊長袖標出戰，兩場比賽踢了135分鐘的好球，以及10秒鐘的失誤。 2015年，馮瀟霆跟隨國家隊參加2015年東亞杯，三場比賽全部出場。
2016年3月17日，國足在武漢集中那天，高洪波就在隊裏開會宣布，馮瀟霆將會是這支國家隊的隊長。