壹、文件實質不同
合同工程完工驗收鑒定書是指建設工程依照國家有關法律、法規及工程建設規範、標準的規定完成工程設計文件要求和合同約定的各項內容，建設單位已取得政府有關主管部門出具的工程施工質量、消防、規劃、環保、城建等驗收文件或準許使用文件後，組織工程竣工驗收並編制完成的。
合同工程完工證書指建設項目竣工正式驗收時，在通過聽取匯報、檢查現場和審閱竣工資料等調查研究後，確認整個工程合乎批準的建設內容、工程質量要求、生產能力和經濟效益，由工程驗收委員會或小組全體成員簽署的證書。
二、文件內容不同
合同工程完工驗收鑒定書內容包括：該工程是否已按設計和合同要求施工完畢，各系統的使用功能是否已運行正常，並符合有關規定的要求；施工過程中出現的質量問題是否均已處理完畢，現場是否發現結構和使用功能方面的隱患，工程技術檔案、資料是否齊全等情況進行簡明扼要的闡述。
竣工驗收證書內容包括：工程概況(工程名稱、工程地點、項目批準單位、建設單位、主要設計單位、主要施工單位、建設規模、工程內容，總投資、設備材料數量、建設進度等);驗收委員會對建設項目的評價和意見;工程未完事宜的處理意見;全體成員簽名。
擴展資料
竣工驗收報告主要內容
1、建設依據
簡要說明工程竣工驗收報告項目可行性研究報告批復或計劃任務書和核準單位及批準文號，批準的建設投資和工程概算（包括修正概算）,規定的建設規模及生產能力，建設項目的包幹協議主要內容。
2、工程概況
（1）工程前期工作及實施情況；
（2）設計、施工、總承包、建設監理、設備供應商、質量監督機構等單位；
（3）各單項工程的開工及完工日期；
（4）完成工作量及形成的生產能力（詳細說明工期提前或延遲原因和生產能力與原計劃有出入的原因，竣工驗收報告以及建設中為保證原計劃實施所采取的對策）。
3、初驗與試運行情況
初驗時間與初驗的主要結論以及試運行情況（應附工程竣工驗收報告初驗報告及試運轉主要測試指標，試運轉時間壹般為3—6個月）。
4、工程技術檔案的整理情況
工程施工中竣工驗收報告的大事記載，各單項工程竣工資料、隱蔽工程隨工驗收資料、設計文件和圖紙、監理文件、主要器材技術資料以及工程建設中的來往文件等整理歸檔的情況。
參考資料百度百科-工程竣工驗收報告
參考資料百度百科-工程竣工驗收