壹、辦理流程不同：
中國電子口岸IC卡到所屬制卡代理點領取並如實填寫4張表格，企業法人簽字並加蓋公章。分別是：
1、《中國電子口岸企業情況海關登記表》(2號表)；
2、《中國電子口岸企業情況外匯登記表》(3號表)；
3、《中國電子口岸企業操作員情況登記表》(4號表)。
其中《中國電子口岸企業操作員情況登記表》，按照本企業指定的操作員人數，每人壹聯。
電子口岸操作員卡的申領辦理流程：
1、到所屬制卡代理點領取並如實填寫2張表格，企業法人簽字並加蓋公章。它們分別是：《中國電子口岸企業情況登記表》、《中國電子口岸企業IC卡登記表》。
其中《中國電子口岸企業IC卡登記表》填寫企業法人卡持卡人信息及企業操作員卡持卡人信息，申請企業法人卡只需填寫“法人卡持卡人基本信息”欄。
申請企業操作員卡需填寫“操作員卡持卡人基本信息”欄及以下內容。企業如申請多張操作員卡，則須按照本企業指定的操作員人數每人填寫壹份。
二、審查不同：
1、中國電子口岸IC卡相關部門的資格審查：
由工商、稅務、海關、外貿、外匯部門對企業用戶進行資格審查，並購買了IC卡、讀卡器、OracleLite軟件以及向中國電信申請了17999帳號後，導致卡代理點為企業制發中國電子口岸企業法人卡和操作員卡。
2、中國電子口岸操作員卡的資格審查：
由工商、稅務、外貿、海關、外匯部門對企業用戶進行資格審查，並購買了IC卡、讀卡器、OracleLite軟件以及向中國電信申請了17999帳號後，由制卡代理點為企業制作中國電子口岸企業法人卡和操作員卡。
三、操作不同：
中國電子口岸IC卡，壹個單位至少有2張這種卡。壹張作為管理用的法人卡，另壹張就是妳說的中國電子口岸操作員卡。法人卡用來給操作員授權和辦理延期登記手續等管理功能用的。
而具體電子口岸業務，比如核銷單單的申領和核銷，報關單數據向國稅局報送等功能都是用操作員卡操作的。
相關要求
1、中國電子口岸企業IC卡的領取人需攜帶單位介紹信及本人身份證明。
2、中國電子口岸企業法人相當於企業的公章，必須由企業法定代表人或其委派的相關負責人員親自領取，並視同公章，指定專人妥善保管。
3、中國電子口岸企業操作員卡用於證實使用人的身份和進行電子簽名，涉及用戶使用系統的安全性和可靠性，也應妥善保管。
參考資料：
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