1.對新納入銀行扣稅(費)系統的納稅人，辦稅服務廳在綜合稅收征管信息系統中維護納稅人納稅賬戶，錄入數據電文申請審批表，通過外部信息采集交換綜合服務平臺錄入三方協議信息，打印三方協議並壹式三份發放給納稅人，稅務機關和納稅人分別簽署協議。
2.納稅人向開戶銀行提交三份三方協議。開戶銀行確認協議相關內容後，補充相關資料，簽字留存1份，將剩余三方協議退還納稅人。
3.納稅人將銀行確認的三方協議報辦稅服務廳壹窗綜合辦，壹窗綜合辦通過對外信息采集交換綜合服務平臺進行核實。經核實的三方協議為有效協議。辦稅服務廳壹個窗口備案協議，壹份由納稅人留存。
公司簽訂三方協議有哪些程序？
1.雙方可參照以下辦理簽約手續:雙方見面並達成約定就業意向，畢業生填寫本人基本信息並簽字，雙方簽訂協議；
2.接收單位和主管部門填寫基本信息並加蓋公章，或接收單位和人事代理部門簽署意見並加蓋公章；
3.畢業生將協議帶回學校蓋章後，交由畢業生就業指導中心征求意見並蓋章；
4.高校畢業生就業指導中心將就業協議書送省教育廳簽證、繳費、蓋章，然後高校畢業生就業指導中心將協議書所在單位和畢業生自存退回，編制就業計劃後發放報到證。
法律依據:
《中華人民共和國民法典》第四百六十四條合同是民事主體之間設立、變更、終止民事法律關系的協議。關於婚姻、收養和監護等身份關系的協議應受關於這種身份關系的法律規定管轄；沒有規定的，可以根據其性質適用本部分的規定。
《中華人民共和國民法通則》第五百零九條當事人應當按照約定全面履行義務。當事人應當遵循誠實信用原則，根據合同的性質、目的和交易習慣，履行通知、協助和保密義務。合同履行過程中，當事人應當避免浪費資源、汙染環境和破壞生態。