2：第十四番目的
3：世紀末的魔術師
4：瞳孔中的暗殺者
5：通向天國的倒計時
6：貝克街的亡靈
7：迷宮的十字路口
8：銀翼的魔術師
9：水平線上的陰謀
10：偵探們的鎮魂歌
11：紺碧之棺
12: 戰栗的樂譜
13: 漆黑的追蹤者
14: 天空的難破船
內容：1 引爆摩天樓：
某天，柯南在整理信件時，發現了壹封寄給自己的信，原來是有名的建築師－－森谷帝二邀請新壹去參加他舉辦的茶會。小蘭問新壹紅色和藍色他喜歡哪個沒辦法以新壹身份去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另壹個條件，要新壹和她在5月3日晚上十點壹起去看電影。原來5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把這件事給忘了。在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新壹約會的事。 到了5月3日當天下午，小蘭便出門了。柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同壹人之手；而後這個犯人打電話給新壹，聲稱手裏有炸彈，要新壹馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。柯南用滑板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩壹架來由不明的轟炸機。雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。 這時罪犯又來電話，說3點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。柯南來到車站，發現原來炸彈是放在壹個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，在倒數16秒這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走壹會兒就又開始跳動。柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸了，他也受了傷，進了醫院。 在醫院裏大家懷疑是新壹的仇家幹的，新壹曾破的最有影響的案子是前西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下臺，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公裏，或太陽下山了，那麽就會爆炸，提示是炸彈在“XX之X”，而偵探團的孩子也在車上。柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之間”，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。 白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。 看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市電影院中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點！
2：第十四個目標：
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，就在第二天，小蘭的母親妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務柯南射小蘭的壹剎那所裏，緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷，每壹個兇案現場都分別留下了有關黑桃撲克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麽？難道是死亡…… 根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮捕。偵訊中，村上丈借口內急而挾持了來找小五郎的妃英理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過妃英理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大，她從此對父親失去了信心。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了…… 怪異的連續襲擊事件是按照著撲克牌的順序進行的，這壹次出現的牌面是黑桃十。遭到犯人毒手的是小五郎打高爾夫的球友辻弘樹。柯南等搭乘辻弘樹所駕駛的直升機，弘樹駕駛前必要點的維他命被人給掉包了，眼睛遇太陽刺眼得張不開，失去了視力，所幸柯南及時降落，逃過了壹劫而黑桃十出現在辻弘樹家中。兇手的殺機籠罩著所有和小五郎有關的眾人…… 為了名字裏有九的旭勝義，大家隨澤木公平來到了著名的海上娛樂中心樂樂廣場。柯南發現了現場的人們名字中都含有「數字」。難道犯人把所有的獵物都壹網打盡嗎？在海底餐廳裏，他們並沒有發現嫌犯--村上丈的蹤影，卻發現了主人旭勝義留下的紙條（其實是兇手留的）。在酒室中澤木公平遭襲。當大家回到餐廳時，卻發現了實業家旭勝義的屍體。 被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特兒小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有壹張黑桃七的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀的餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指正兇手就是澤木公平時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上丈挾持妃英理做人質壹樣……
3世紀末的魔術師：
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶之卵，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這日本關西名偵探服部平次活躍登場!無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了俄羅斯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，但還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。 柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。 神秘的槍口對準了怪盜基德!到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀也壹同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在壹個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。 但專門狙擊人右眼的神秘殺手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，新壹出現了……
4瞳孔中的暗殺者：
連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著什麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而警視廳的內部秘密卻如高墻般難以窺探！ 柯南與小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：「Need not to know〔無須知道〕……」 這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關！ 小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，佐藤警官為保護小蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不著痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去熱帶公園，卻誤認為找到真兇而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……最後在噴水池中，蘭想起了以前和新壹的事，找回了記憶，並狠揍了壹頓犯人。
5通往天國的倒計時：
阿笠博士與少年偵探團壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高的雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了毛利父女和鈴木園子前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。 壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡……？ 柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎？且灰原哀究竟在給誰打電話？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手黑衣組織，展開壹場史上最恐怖的攻防戰…… ，而哀也相當活躍，兇手也令眾人震驚不已，原因更是出乎別人意料，殺人手法也是別具壹格，Gin，Vodka等人也會出現，爆炸場面驚心動魄，可以說是劇場版的壹個巔峰。
6貝克街的亡靈：
米花市政大樓。這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲“繭”的發表會。結合了最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智慧闖入“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。”開始了壹場失控的遊戲。 少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。 壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
7迷宮的十字路口：
在東京、大阪和京都三地發生了殺人事件，死者都是盜賊集團源氏螢的成員，並且死者每人手中的《義經記》都被兇手奪走，這到底為了什麽？接著，柯南等人由於壹尊佛像被偷而受邀前往京都解謎，並在那碰到了同目的另外也尋找初戀情人的平次。兇手發出了挑戰，寄給他們壹張神秘圖，說只要解開此圖就能找到佛像。在此過程中，又壹樁殺人案出現在他們面前，佩帶老翁面具的兇手所設的陷阱壹個個向他們駛來，兇手用劍術和弓箭壹步步的殺向平次。最後，和葉在找證據時也被他抓走了。 ★面具下的神秘面孔會是什麽樣的？他為什麽要殺死平次？水晶玉會帶來什麽神奇效果？前去救和葉的外表是平次的男子究竟是誰？哀給柯南吃的藥有什麽效果？哀：“或許他可以恢復原來的身體”。而蘭終於也見到了新壹！“工藤新壹，是個偵探”“新壹，我終於見到妳了”……平次能救出和葉並逮到兇手嗎？平次又是否會找到他的初戀情人？
8銀翼的魔術師：
壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，小蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！ 那個男人再次出現在柯南的面前？柯南能守住寶石嗎！？……然後？ 當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起，並且肆意推理基德不會從房頂來；這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟芬王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
9水平線上的陰謀：
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。 然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了的，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻使新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
10偵探們的鎮魂歌：
在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南壹行人來到了橫濱。壹行人受邀來到壹座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，戴上了攜帶炸彈的ID，進入遊樂園也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。“妳能了解失去心愛的人，是什麽樣的心情嗎？工藤。”神秘男子的電腦屏幕上顯示著新壹與蘭的照片。這名男子居然知道柯南其實就是工藤新壹？！這名男子的真正身份，難道是…… 就在同時，“關西的高中生偵探”服部平次的青梅竹馬和葉也進入遊樂場，成為了人質，白馬探（基德裝扮的）也受到委托。這些偵探們將與柯南壹同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著壹連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、基德以及小五郎與其它刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間壹分壹秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，卻又出現了新的難題。柯南究竟會怎樣
11深藍色的海盜旗：
太平洋上的美麗小島——神海島。傳說，在很久以前那裏的海底就存在著古代遺跡“海底宮殿”，並且300年前真實存在 過的兩名女海盜“安娜·波尼”和“瑪麗·裏德”曾在那裏遺留了大量的寶藏。今次的故事就從這神秘的小島開始，在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。 到神海島度假遊玩的柯南壹行人遇到了壹群來尋找財寶的探險人“treasure追求者”。他們中間籠罩著壹種非常詭異的氣氛。小蘭、園子和他們壹起潛水的時候遇到了鯊魚的襲擊，盡管小蘭和園子僥幸逃脫，但其中壹人被鯊魚襲擊死亡。為了探求真相，柯南和小蘭壹起展開了調查。海底宮殿中究竟隱藏著怎樣的秘密？超越了300年時光的暗號，將由柯南為妳解開！
12戰栗的樂譜：
近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有超強樂感的天才歌手的歌聲。 可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多兇殺的可疑案件。在此期間，堂本先生的四位弟子均被兇手利用爆炸殺害，其實這四位是堂本學院的第壹屆學生，2年前組成鋼琴四重奏至今仍十分活躍。 但只因當初強灌酒於相馬光（兇手譜和匠之兒，最後才揭曉），導致其後意外墜樓死亡，所以遭殺。 音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲，飄流在河流中的船上，蘭等人所在的音樂會場外發生大爆炸。由於音樂場內有隔音、防火效果，眾人在危險中完全不知情。柯南和秋庭利用電話唱出了準確的音調撥打了110。順利向警察求助，柯南等人通過屋頂順利進入會場，此時，外圍柱子已經爆炸了20跟，在談話之間又是3根，那麽最後只剩會場最後壹次爆炸。憐子小姐唱出了“奇異盛典”組織了堂本先生繼續彈奏鋼琴鍵組織了爆炸，此時柯南也接近兇手，拆除了感應器。 最後，柯南和會場內的所有人命懸壹線時，哀用元太的豎笛吹出：38224（shoot），被柯南看出“狙擊”，佐藤從另壹個地方壹槍打下遙控器,末尾新蘭的感情戲最後由柯南拉的小提琴微笑落幕