農村不動產確權登記的好處是明確了老百姓的權屬，有了保障；缺點是增加了百姓的稅賦壓力。
好處：壹、明確了老百姓對不動產的權屬，對老百姓權益不受他人侵犯提供了制度保障；二、便利了權屬的轉移，不動產登記後老百姓可以更加方便地通過出租、出資、抵押、轉讓等方式獲取財產收益和融資的需要；農民的土地可以合法流轉等。
壞處：不動產登記是為房產稅，甚至是為不動產稅打基礎，未來老百姓需要承擔更多的稅賦。
對農村居民來說，農村不動產確權登記最直接的作用就是明晰農村宅基地的產權，通過對農村宅基地的登記發證，可有效減少因宅基地權屬爭議引發的各種社會矛盾。
同時如果大量土地被賣，會產生為數不少的失地農民，會導致土地兼並和農民內部貧富兩極分化，造成社會不穩定；還會弱化農村集體組織的權力，不利於農地的定期調整，擡高政府的征地成本，影響的發展優勢。
農村房地壹體不動產確權登記工作流程
1、申報
凡是擁有宅基地的土地使用權人，須領取由土地部門統壹印發的《農村宅基地使用權申報登記表》，以戶為單元，每宗宅基地填寫壹份。村民使用的宅基地，必須提交由經濟社、村委會二級經濟組織及鎮政府出具的土地權屬來源證明。然後由調查組負責收集申報材料上交土地管理部門對權屬進行審核。
2、權屬調查
國土部門根據土地使用權人的申請，對宅基地範圍、界線、界址、權屬性質、用途等情況進行實地調查、記錄並經相鄰各方認定，填寫宅基地地籍調查表，繪制宗地草圖，為地籍測量作準備。在宅基地調查過程中，本宗地使用者和相鄰地使用者應按通知規定時間內到場***同指界，對雙方***同確認的用地界線和界址點進行簽名、蓋章。
3、審核與公告
經土地行政主管部門審核，對認為符合登記要求的宗地進行公告，公告內容主要包括土地使用者的名稱、地址、準予登記的土地權屬性質、面積、坐落、四至範圍等。
4、審批
公告期滿，土地權利者及其他土地權益有關者對土地登記審核結果未提出異議的，在農村宅基地使用權登記審批表上簽署同意登記發證的意見，由市（縣）人民政府領導簽章，並加蓋市（縣）人民政府土地登記專用章。
5、登記註冊
根據農村宅基地登記審批表結果，以宗地（宅基地）為單位逐項填寫土地(宅基地)登記卡、土地（宅基地）歸戶卡及土地證書，並由登記人員和土地行政主管部門主管領導分別在兩卡上簽字。
以上內容參考百度百科-農村集體土地確權登記發證