縱觀目前市場上成型的公文流轉系統，其開發模式上的差別主要體現在系統結構和開發的技術手段，系統結構主要指終端操作人員與應用服務系統的相對關系，開發的技術手段指系統的平臺及其主要開發技術。
1、系統結構
按照系統終端情況的不同，可將公文流轉系統的開發結構分為B/S（瀏覽器/服務器）和C/S（客戶端/服務器）兩種模式，它們各具特色，是當前公文流轉系統開發的主流。
（1）B/S模式
B/S 模式的系統以服務器為核心，程序處理和數據存儲基本上都在服務器端完成，用戶無須安裝專門的客戶端軟件，只要通過網絡中的計算機連接服務器，使用瀏覽器就可以進行事務處理。B/S模式具有易於升級，便於維護，客戶端使用難度低、可移植性強等特點，同時也受到靈活性差、應用模式簡單等問題的制約。在早期的 OA系統中，B/S模式是被廣泛應用的系統模式，壹些MIS、ERP系統也采取這種模式。B/S模式系統主要的應用平臺有 WindowsServerFamily、LotusNotes、Linux等，其采用的主要技術手段有Notes編程、ASP、JAVA等，同時也使用 COM+、ActiveX控件等技術。
（2）C/S模式
C/S模式系統以服務器作為數據處理和存儲平臺，在終端設計有專門的應用程序進行數據的采集和初次處理，再將數據傳遞到服務器端，用戶必須使用客戶端應用程序才能對數據進行操作。C/S模式具有專業化程度高、開發手段靈活、運行速度快等特點，但受到維護成本大、適應性弱等問題的影響。C/S模式是早期電子政務開發中主要應用的模式，同時壹些專業的MIS軟件也經常使用這種模式。C/S模式系統幾乎可以適應任何的操作平臺，開發技術也多種多樣，大部分計算機語言都能開發出C/S模式的應用系統。
2、開發手段
公文流轉系統的開發手段多種多樣，LotusNotes、ASP、VisualStudio等主要的技術手段都能開發出公文流轉系統，它們具有不同的特點，在不同領域發揮著自身的優勢。
（1）基於LotusNotes的公文流轉系統
LotusNotes 被視為最為成熟的公文流轉系統平臺，由於其本身具有強大的工作流（Workflow）設計能力，與公文流轉復雜的工作流相適應，因而成為了大型公文流轉系統開發的首選技術手段。利用LotusNotes既可以實現C/S模式的公文流轉系統，也可以使之適應B/S的應用模式，其完善的文檔數據庫和權限管理系統為公文流轉的順利實現提供了強有力的保障。但LotusNotes的靈活性較差，外在表現形式單壹，開發成本高。
參考系統：冠群聯想的問鼎協同辦公系統
（2）基於ExchangeServer的公文流轉系統
ExchangeServer 與LotusNotes有相似之處，都具有強大的工作流設置能力，在早期的辦公自動化系統中，ExchangeServer被廣泛使用，在客戶端使用 Outlook等電子郵件系統進行操作，在使用上不直觀，靈活性差，同時基於ExchangeServer的二次開發難度也較大，系統之間的兼容性和擴展性差，目前在市場上單純地基於ExchangeServer的公文流轉系統比較少見。
參考系統：無
（3）基於Windows.Net框架的公文流轉系統
Windows.Net 框架具有很強的靈活性和擴展性，能夠與操作系統平臺進行良好的結合，與各類應用程序可進行數據傳遞，其系統同時可應用B/S和C/S兩種模式，在外在表現形式上十分靈活，開發難度和成本低，能夠方便地使用各類中間件。Windows.Net框架下的開發工具很多，主要有VB、VC、ASP等，作為壹種通用的開發手段，Windows.Net框架的應用範圍很廣，但其專業性不強，在開發公文流轉系統時需要進行復雜的重定義工作，同時在規模大的應用過程中穩定性壹般。目前廣泛使用的基於瀏覽器，使用ASP開發的辦公自動化系統壹般具有簡單的公文流轉功能，從技術手段上分可將其劃入本類。
參考系統：書生的書生公文
（4）基於JAVA的公文流轉系統
JAVA 具有很強的數據處理功能和穩定性，在大規模數據處理和安全性方面占有優勢，適合開發瀏覽器形式的應用系統，J2EE的開發模式適合工作流性質軟件的開發，有比較強的靈活性在開發模式上與ASP相似。目前市場上沒有完全基於JAVA的公文流轉系統，由其實現的公文流轉功能主要表現在壹些由JAVA開發的辦公自動化系統中。
參考系統：上海永信計算機服務有限公司的政府OA辦公系統OIS
二、關鍵技術
公文流轉系統涉及到比較復雜的辦公流程，在開發的過程中受到諸多方面的制約，綜觀目前的公文流轉系統，其成功與否受到幾個關鍵技術的影響，包括身份驗證技術、數字簽名與傳輸加密技術、工作流定義技術、審批應用技術、電子簽章和痕跡跟蹤技術等。
1、身份驗證技術
由於政府機關公文處理工作具有保密性、嚴肅性的特點，因而公文流轉系統必須使用與之相適應的身份驗證技術，並基於此形成完備的用戶權限體系。目前的公文流轉系統多采用直接的用戶名和密碼的身份控制機制，少量系統也使用智能卡的身份驗證體系。目前的身份驗證技術主要有簡單用戶密碼匹配、物理地址識別、智能卡等硬件識別、生物識別等，它們的安全程度不同，開發和應用成本也有很大差別。
2、數字簽名與傳輸加密技術
政府公文流轉過程中嚴格的保密性是公文流轉系統基本的要求之壹，也是政務類應用軟件驗收的硬性指標，所以壹個成熟的公文流轉系統必須使用數字簽名技術，並在其基礎上對數據傳輸進行加密，數字簽名技術也是識別用戶身份，確定公文責任的主要技術。在壹些公文流轉系統中以應用了小型的CA數字簽名認證系統。
3、公文流定義技術
政府機關公文流轉的壹個重要特征就是流程復雜，難以用標準的程序化語言解釋，因而公文流轉系統必須有與之相適應的工作流程定義系統，使操作人員能夠自主地設定公文流轉流程。目前壹些基於LotusNotes的公文流轉系統借助於Notes系統強大的工作流設置引擎實現了壹般的流程設定，但整體效果與實際工作仍存在壹定的差距。有無靈活的工作流定義體系成為了影響公文流轉系統成功與否的關鍵要素。
4、審批應用技術
在公文處理過程中，發生著大量的審批修改行為，而且大部分操作者是政府機關中的領導人員，所以在公文流轉系統中的審批技術是否適合領導的辦公習慣就顯得尤為重要。目前流行的審批技術是利用手寫板對公文進行全文批註，再以矢量圖形的形式保存，接下來由具體的文書人員對審批後的公文進行處理。根據目前的發展趨勢，這壹類型的審批技術將仍在公文流轉系統中占主導地位，但具體的應用形式可能產生變化，如引入手寫識別、采用新型的硬件設備等。
5、電子簽章技術
傳統的公文是否有效與其是否具有公章直接相關，這種“紅頭+公章”的公文處理模式仍會延續到公文處理系統中，由於沒有具體規定的出臺，因而對於電子簽章的合法性問題還存在很大的爭議。在壹些公文系統中，使用模擬化的電子簽章，在公文上直接加蓋，再由高精度打印設備打印，或作為二次加蓋傳統公章的憑據。在政府機關未形成大範圍的無紙化辦公的前提下，電子簽章技術的發展趨勢呈現以數字化的虛擬簽章使公文在系統中生效，壹旦需要出現紙介質公文時，在輸出後對公文的合法性進行數字與人工的混合驗證，並加蓋傳統的公章。
6、痕跡跟蹤技術
公文在處理的過程往往經過多個部門的多個工作人員，可能存在大量的修改行為，為了保證公文的原始信息，確定公文責任，需要對各種修改行為進行跟蹤，並形成附屬公文的流程跟蹤報表。目前的公文流轉系統大多實現了這壹功能，或在數據庫中、或在文檔上保留公文處理的痕跡，以備審核。
公文流轉系統開發策略
公文流轉系統具有廣泛的市場需求，可以說是近期電子政務市場中的壹個熱點，在目前的市場中沒有壹種公文流轉產品能夠在占有壓倒性的優勢，市場空間很大。公文處理在具體的機關工作中表現為非標準化的流程，難以以程序的模式完成，在樣式和格式上有國家標準可供參考。為了保證產品能夠適應政府機關的需要，同時降低開發成本，壹套成功的公文流轉系統在開發的過程應註意以下幾個方面的問題。
壹、需求分析是重點。電子政務是對傳統行政辦公模式的壹次革新，也是政治體制改革的壹大推力，但目前電子政務尚處於起步階段，各級政府機關的信息化程度並不高，因而目前壹個階段的電子政務工程主要是對政府機關內部原由的辦公流程進行信息化改造，在引入新技術的同時導入壹些公***管理理念。目前的公文流轉系統必須適應政府機關的需要，與其傳統辦公流程能夠無縫結合，可以在短時間內使工作人員掌握系統的操作方法，發揮出系統效能。在開發公文流轉系統的過程中，必須有熟悉機關辦公流程的人參與，並盡可能地在機關中進行實地調查，詳細地了解公文處理的流程，形成完備的需求分析報告。
二、遵循習慣是關鍵。考慮到政府公務人員的實際計算機水平和項目實施的周期，系統不應存在操作上的難度，盡可能地模擬傳統辦公中公文處理的流程以及操作的模式，特別是對壹些高層領導，可設計出壹些人性化的操作模式，如全文批註，或在適應期采用手工和數字相結合的手段，如領導仍在紙介質文件上批註，由辦公室人員二次錄入或掃描入系統。
三、新技術是優勢。目前的電子政務開發中比較註重新技術的應用，在系統中如何壹項或多項新的技術會使系統更加受歡迎。針對公文流轉系統的特點，可在幾個關鍵技術方面考慮使用新技術，如在身份認證方面可以使用指紋識別、筆跡識別等生物特征類技術，在加密傳輸上可以引入CA中心的概念，在審批技術上可以應用全文批註、聲音批註等，在工作流定義方面使用可視化模式。
四、開放兼容是亮點。目前在政府機關中已經引進了壹些電子政務應用系統，並很可能在某些發揮著十分重要的作用，因而在公文流轉系統的開發過程中必須充分考慮到系統與已存在的系統之間的兼容性，在可能的情況下應設置足夠的開放式接口，讀取這些系統的數據或向這些系統傳遞數據。如公文系統必須與政府機關中使用的主要文字編輯軟件保持高度的兼容，使數據能夠在它們之間暢通無阻地傳遞；又如公文系統與其他人事信息系統或工資信息系統相互兼容，可在生成公文過程中引入已存在的信息。