現在關於黑衣組織老大的傳言中，展露主流的就是阿笠博士和日本前首相了。
無可否認，青山這小子壹開始的確是想讓阿笠博士來充當大方拍的壹頭，不然不會起這個名字（阿笠博士用日文拆開然後用拉丁文反讀就成了‘莫利亞提’）。這些在漫畫的很多細節上都可以找到端倪（在皮斯科事件中，琴酒剛說要奉組織老大的命令殺人的時候博士就無緣無故的打噴嚏）。
關於前日本首相的傳言很明顯是通過最近的單行本推出來的，老實說壹來沒什麽根據，二來與前面劇情淵源不深，三來比起壹直以來的平凡人物作為BOSS，日本前首相的設定明顯缺乏震撼，因此青山很難真的會偏向著壹邊。
但問題來了，早在五六年前73就埋下了伏筆，在單行本第19集中，當柯南好不容易取回壹張記錄著APTX的光盤，忽然發現了壹種名為‘暗夜男爵的病毒’。
想到這大家可能明白，‘暗夜男爵’？這怎能不讓人聯想起曾經風靡全球的‘暗夜男爵’系列？
而暗夜男爵，不就正是柯南老爸——工藤優作的成名作品嗎？
再回憶起皮斯克事件，當灰原被困在酒窖，面對綁架者遺留的手提電腦，柯南最終看出密碼就是柯南道爾從前的筆名。
除了工藤家族，哪裏還會有人對福爾摩斯那般熱衷。
於是，網上便傳言說，組織是由工藤優作和阿笠博士壹手操控的。
阿笠博士表面上是壹個不被社會重視的科學家，但是想壹想現在全世界壹流研究人能創造出腳力增強鞋或是只憑著人的嗓音震動品而制造的無敵變聲器嗎？所以阿笠博士表面上根本就是隱姓埋名，實際上卻是壹直未工藤優作的犯罪提供及危害的硬件支持！
小說中，福爾摩斯與莫利亞提教授不***戴天，但是，在此處，具有不弱於福爾摩斯計謀的工藤優作卻與阿笠（莫利亞提）博士配合無間，這正是青山為大家設下的最大懸念。
阿笠博士曾說過與灰原的父母壹直很熟，那就不難推測出，他們二人說不定曾經***事的事實。
還有，為什麽貝爾莫得知道柯南與灰原的身份，卻壹直隱忍不發？為何他還要力保柯南的性命？難道對於殺人不眨眼的組織來說，他和有希子的交情就那麽重要？
只要聯想到琴酒所說，貝爾摩的是那位先生欣賞的人那就壹切清楚了。貝爾莫的正是因為壹早知道自己老大的真正身份，那又怎能不保護自己老板的兒子呢？
再仔細想壹想工藤優作的初次登場，按照時間上推算正式明美被琴酒滅口，至保正準備脫離組織的時候，對於至保著個組織上科研的未來之星的忽然叛變以及從阿笠博士口中得知自己兒子的近況來看，工藤優作回國的動機就相當曖昧了。
當然還有，就單單從柯南等人與黑衣人的幾次交手來看，說實在的的確可以用毫無收獲、慘不忍睹來形容。試想壹下，柯南、平次、快鬥、赤井、FBI組織等等，這些家夥那個不是壹等壹的世界級牛人？可是壹旦遇到黑衣組織別說獲勝，就連保住小命都有些困難，如果沒有像工藤優作這樣破碎虛空的推理霸王組織工作更加上對自己兒子的近況了如指掌，會有這樣的效果嗎？
為什麽柯南剛剛變小的時候來博士就打發他去毛利小五郎家？美其名曰是要借助偵探暗中調查，但是壹件平平無奇的偵探所能夠在全日本多如牛毛的案件中搜索黑衣組織難度根本就可想而知。相比之下柯南借助其他小孩子的身份在東京四處調查不是總好過那種白天要上學，處理案件的時候還要四處受氣的日子要好的多嗎？原因只有壹個，就是當時博士家中還留著關於組織的情報，如果柯南要是在家的話，那極有可能穿幫。可惜當時單純小小的新壹完全沈浸在與小蘭同居的喜悅當中，完全忽視了這個最簡單的破綻。
還記得工藤優作首次回國就同夥博士將柯南玩弄於股掌之間。說穿了這只不過是想要自己的兒子跟隨自己回美國，防止再與組織對抗的手段而已。可是當時柯南因為小蘭的緣故而留下，工藤優作無奈，只有壹方面讓博士繼續暗中監視並保護柯南，畢竟柯南和他的父子關系不能外傳，但如果柯南壹不小心被殺了那就不得償失了。因此他才對柯南叮囑說：“小看了女人可是不得了的。”
隨著灰原的出現，其實博士早知道他會出逃，熟知內情的他故意在大雨中等待灰原自投羅網。
就當博士終於等到變小的灰原出現的時候，憑借當年以宮野家的交情阿笠博士立即知道她與柯南有了相同的聯系。正準備滅口的阿笠博士忽然想到：既然新壹是因為毛利蘭而拒絕出國的話，那麽這個與組織關系密切的小女孩會不會成為離間新壹與小蘭感情的絕妙的棋子呢？
於是，博士不但就吃了會員，而且還冒險將他收留在家中，而且為新壹與灰原的相交勞力勞心（會員出場後少年團就經常外出旅遊）膽石癥絕妙的計劃卻帶來了意想不到的後果，第壹：會原因姐姐的關系對組織仇似深海；第二：柯南與小蘭的感情盡管由於有了灰原而出現波折但依舊無法破裂；第三，也就是最嚴重的壹點：會員被柯南所吸引，真正喜歡上了柯南並且圍成全其與毛利蘭的感情不計生死。遠在海外的工藤優作聞言大怒，立即給組織嚇死命令要找機會殺灰原（皮斯克事件、通往天國的倒計時），但是卻被柯南壹壹化解。工藤優作看到自己的孩子這樣能幹固然欣慰，於是，思考再三的他決定親自動手，首先與博士策劃了壹個以福爾摩斯為背景的推理遊戲（貝克街的亡靈），想要壹舉暗殺灰原，而他卻最終發現會員為了自己的兒子舍命相救，終於被這個小女孩所感動，而早對會員產生愛憐之心的博士也從中勸說，工藤優作終於放棄了對會員的殺機。其實工藤優作壹直都自負自己夫婦和兒子都是當世奇才，對出身於平民家庭，沒多少知識內涵的毛利蘭就不太看好我沒有說小蘭的意思（優作和小蘭幾乎沒有交情），但是自己的兒子喜歡他也不能加強反對，於是今後的日子裏灰原的地位就日益重大了。
因為灰原學識淵博，性情冷靜而極具內涵，再加上與組織的淵源，壹旦把握好了將來必定能成為組織稱霸的壹大助力。但是柯南和會員都不是壹般人物，方能情比真堅。於是優作壹方面派自己的心腹大將貝爾莫的出場，對灰原展開不緊不慢的追蹤。同時FBI的介入，讓灰原身邊草木皆兵，而神情疲憊的灰原此時對柯南非常依賴，這時候讓柯南來個英雄救美，即可徹底打開灰原心扉，達到自己目的。
盡管早已布置貝爾摩德暗中防水，又有阿笠博士和FBI協助。可是對自己兒子能否擋得住組織的猛烈攻擊為老爸的工藤優作依舊心存疑慮，於是，工藤優作再次想到了絕妙的壹招——有希子
理由很簡單，這要無意中壹句“聽說新壹最近有女朋友了，作為父母的實在不好意思去看啊”，急性的有希子立馬孤身前赴日本，第壹天解組織柯南和壹大幫小朋友外出遊玩，其實正是為了探聽柯南的情報。從中發現步美和哀都對柯南有好感相比之下有希子更是對柯南和灰原的關系說三道四，更加有意無意的對灰原展現出友好與愛憐，而且還鼓勵柯南向灰原表白，如果不是新壹在情感線路上太過白癡或另有企圖，灰原說不定就接受了他（在漫畫41集，妳們看吧，我是無奈了）事實上，工藤優作的計劃更是膽大包天，但同時也具有效果。
PS:僅個人觀點，但我也還是不怎麽相信博士和優作會成為BOSS，青山快出大結局吧！