1950年11月，四川廣元縣500多名天主教徒發表了“天主教自立革新運動宣言”，主張割斷與帝國主義者各方面的關系，建立自治、自傳、自養的新教會。這壹宣言得到全國天主教神長教友的響應。盡管梵蒂岡壹再采取敵視新中國的政治行動，中國天主教仍在1957年、1958年先後將選出的壹名代理主教和兩名主教報梵蒂岡。然而，梵蒂岡竟以“超級絕罰”相威脅，極大地傷害了中國天主教徒的感情，中國天主教從此堅定地走上了自選自聖主教、獨立自主自辦教會的道路。在信仰上，中國天主教與世界各地的天主教是壹致的；在教會管理上，壹切內部事務均由中國天主教教會自主決定。
1954年7月，中國基督教第壹屆全國會議召開，正式成立了中國基督教三自愛國運動委員會。提出在中國***產黨和人民政府的領導下，團結全國基督徒，熱愛祖國，遵守國家法令，堅持自治、自養、自傳，獨立自主自辦教會的方針。
1958年各種不同信仰禮儀背景的教會實行了“聯合禮拜”。從此中國教會進入“後宗派時期”，基督教的宗派組織在我國不復存在。
“文革”時期，中國基督教壹度中止活動。1980 年，中國基督教三自愛國運動委員會恢復活動，召開了第三次全國會議並成立了中國基督教協會，在新的歷史條件下繼續推進三自愛國運動，開始了按三自原則辦好教會的新探索。1996年基督教第六次全國會議，將這壹時期的探索總結為堅持“按三自原則辦好教會”，必須堅持獨立自主、必須堅持愛國愛教、必須努力增進團結、必須大力落實三好（自治要自好、自養要養好、自傳要傳好），向全國基督徒發出了“壹個好基督徒應該做壹個好公民”的號召。
隨著中國基督教三自愛國運動的發展，過去外國傳教士傳下來的壹些神學思想，與社會的發展、時代的進步不相適應，產生矛盾和沖突。在丁光訓主教的大力倡導下，中國基督教界積極探索開展神學思想建設。1998年11月，基督教全國“兩會”（中國基督教三自愛國運動委員會、中國基督教協會）在濟南召開全體委員會，作出了開展神學思想建設的決議。神學思想建設的主要內容是：如何結合中國國情和文化，闡述基督教的基本信仰及道德規範，使中國基督教與社會主義社會相適應。
2000年9月23日，在北京人民大會堂舉行了隆重慶祝三自愛國運動50周年大會，對50年來的三自愛國運動進行了總結，宣布繼續堅持愛國愛教方向，要把三自愛國運動推進到神學思想建設的新階段，在帶領廣大信徒走與社會主義社會相適應的道路上取得明顯的進步，為祖國的現代化建設事業做出新的貢獻。