二、三層主廳現舉辦著孔子紀念展覽，以圖片、器物、雕塑、繪畫等形象地介紹孔子的生平、孔子的思想、儒學的發展和孔子思想在海內外的影響，仔細參觀，如同瀏覽壹部孔子思想簡史。
二層主廳後面還有兩個展廳，西廳“千年香煙”主要展出歷代祭祀孔子的祭祀文物，而東廳展出當代著名書畫家書畫作品和海外政治聞人對孔子的評價題詞，由此可見古今中外對孔子的敬仰。
乘電梯直上四樓，圓形的展櫥內陳列著金版《四書》——中文的《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》和英文《論語》，書銅版鎏金，美輪美奐，恐怕是世界上第壹部金屬版《四書》。 登上三樓外平臺，向北遠瞻孔廟古色，向南眺望新城新貌，向東俯視論語碑苑山水碑刻，向西遠眺大學英姿。而繞樓壹周可讀《禮祀》“大同篇”，分別由中文、英文、法文、俄文、西班牙文、德文、日文、韓文八種文字刻成。“大道之行也，天下為公”，孔子的大同理想要靠世界各國人民的***同努力去實現。
乘電梯直下壹樓，沿長廊南行，壹方庭園，壹泓碧水，壹泉漫湧，展現了朱熹“讀書有感”的意境：“半畝方塘壹鑒開，天光雲影***徘徊。問渠那得清如許，為有源頭活水來”。池南為閱覽室，此景的設置是很切題的。捧書苦讀，忽有所得，對此小景是多麽愜意。 圖書館目前正在建設，40萬冊的圖書正在陸續入藏。目前設施雖然尚未完善，但孔子研究院邊建設，邊研究，人才不足，借雞下蛋，禮聘著名學者擔任學術顧問，聘請知名學者擔任兼職研究員。現在正在編纂20卷1000萬字的《二十世紀儒學研究大系》，其中11卷將於今年九月孔子誕辰正式發行，而800萬字30卷的儒家倫理叢書也正在撰寫之中。
壹樓舉辦有世界孔廟展，展出了中國、日本、朝鮮、越南、美國、德國、新加坡等國家孔廟的照片，介紹了各國孔廟的歷史現狀和制度。此外還辦有銅版《聖跡圖》展覽，120幅聖跡圖圖文並茂，形象地展示了孔子壹生的行跡。 最後去參觀鐘亭，東西二亭對立，亭內各懸壹鐘，鐘體內外滿鑄文字，分鑄《論語》上部、下部。古人說：“半部論語治天下”，不妨讀完壹鐘，以增長治國修身的才幹。另壹鐘不妨以撞代讀，鐘聲宏量，回音悠長，振聾發聵，以覺其未覺。