這部無論是從故事情節上還是從場景設置上都恢復了第壹部所具有那種高水準，主要內容是圍繞著壹顆羅曼諾夫王朝的皇室秘寶「記憶彩蛋」（回憶之卵）而展開的。它意外地在日本發現了！羅曼諾夫王朝的皇室密寶就在鈴木財團展出的同時，柯南最強的對手－－“怪盜基德”再次登場，發出預告函，宣布將在眾目睽睽下，奪取這無價的藝術瑰寶。柯南、小五郎、平次、蘭壹行人，受邀解讀預告函線索，不料發生致命錯誤！基德成功偷走“回憶之卵”後，途中卻遭神秘殺手狙擊，墜海失蹤。柯南以新型滑板追蹤，驚險奪回“回憶之卵”，才發現它的外觀與設計圖上完全不同，這是究竟怎麽回事？……
而小蘭也開始懷疑柯南與新壹的關系，名偵探——江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，同時，也是史上最難解的謎團！在制作此劇時，工作人員為了貫徹柯南系列所特有的那種寫實場景風格，拍攝了大量的實景照片，取景地點從大阪到橫須賀，範圍大到豪華客輪小到民宿民宅，連園子所住的那棟豪華住宅，就是取景於青山剛昌本人所居住的高級住宅樓（再壹次感嘆，日本的漫畫家真的都非常非常的有money！）。本片中的登場人物非常之多，幾乎柯南系列中的所有人物都出現了，尤其是慣偷KID常常變裝，在眾人的眼皮下以多種形象出現，但因為故事情節的巧妙編排，所以看起來並無雜亂無章之感，反而顯得更加的跌宕起伏，曲折動人。
[編輯本段]電影開場白
中文
新壹：我是高中生偵探工藤新壹，當我跟青梅竹馬的同學毛利蘭壹起到遊樂園遊玩時，卻目擊了黑暗組織的交易現場。當時我只顧著偷看交易，卻忽略了從背後而來的另壹個同夥。我被那個人強灌了毒藥，等我醒來時……
柯南：我的身體已經縮小了！要是讓他們知道工藤新壹還活著，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份。當小蘭問及我的名字時，情急之下，我化名為江戶川柯南。為了搜集那些家夥的情報，於是便住進了父親以偵探為業的小蘭家中。
小五郎：我是名偵探毛利小五郎…… 哎喲~~（被麻醉針射中）
柯南：大家稱他為“沈睡小五郎”。其實是因為我以手表型麻醉槍讓他沈睡，再使用領結變聲器，模仿他的聲音解說實情原委。這些機器都是阿笠博士的發明。博士雖然長的那付德行，其實是個天才。其他還有渦輪噴射滑板，追蹤犯人眼鏡，腳力倍增鞋等。新產品也在陸續發明中。其中尤其以滑板最棒！只要在白天充好電，晚上也可以用30分鐘。而知道我真實身份的除了博士以外還有二個人。關西的高中生偵探服部平次；以及轉學生灰原哀。她原本是黑衣男人的同夥，因為想脫離組織，被迫吃了和我壹樣的藥，身體也因此而縮小。
我壹方面追查黑衣人組織，壹方面不斷的遭遇到棘手案件。如今，我又碰到了壹個強勁對手（KID）。在混沌和疑惑中的壹線曙光……身體雖變小，但頭腦壹樣棒，無所不知的名偵探，真相永遠只有壹個！
日文：
新しい1：私は高校生の偵察する工藤の新しい1で、私は幼なじみの學友のおじけづくリーランドと壹緒に遊園地へ遊びに行きます時、暗い組織の取引の現場を目撃しました。その時私はかまけて取引を盜み見て、陰で來る別の1人の仲間を見落としました。私はあの人に力ずくで毒薬を入れられて、私の目が覚める時を待ちま
す…… コナン：私の體はすでに縮小しました！もしも彼らに工藤の新しい1がまた生きていることを知っているなら、私の命はだけではなくて、また私の周囲の身內まで（へ）危害を及ぼします。阿笠博士の提案のもとで、私は身分を隠しました。小蘭が私の名前を聞くおよび時、せっぱ詰まって、私の名を変える江戸川とコナン。あれらのやつの情報を探し集めるため、そこで父に入って探偵を業の小蘭の家の中にします。
小さい5の男：私は名探偵の粗利益の小さい5の男です…… おや~~（針に麻酔をかけられて命中します）
コナン：みんなは彼を“熟睡する小さい5の男”と呼びます。実は私が腕時計型で銃に麻酔をかけて彼を熟睡させるためで、更に蝶ネクタイの聲変わりする器を使って、彼の音をまねて真相の事の次第を解說します。これらの機械はすべて阿笠が博するのです士の発明。博士長いあの徳行ですが、実は1人の天才です。その他はすべり臺（面）を噴出するタービンがあって、追跡する犯罪者の眼鏡、運賃の靴などを強めます。新制品も続々と発明する中で。その中は特にすべり臺（面）で最もすばらしいです！になるのでさえすれ（あれ）ば晝間良いニュースを擔當して、晩にも30分を使うことができます。私の真実な身分のが博士の以外2人がまだいることを知っています。西方の高校生の偵察する服部が引き分けするのは劣っています；および學生の灰色のもとを回転して悲しみます。彼女はもとは暗い衣服の男の人の仲間で、組織を離れたいため、しかたなく私と同じ薬を飲んで、體もそのため縮小します。
私は壹方では暗い衣服人の組織を追及して、壹方では絕えない境遇は手を焼く事件まで（へ）。今のところ、私はまた1人の力強い相手（KID）にぶつかりました。無知がと納得できない中の壹筋の曙光……體は小さくなりますが、しかし頭は同様にすばらしくて、知らないものはない名探偵、真相
[編輯本段]基本情節
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶之卵，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這日本關西名偵探服部平次活躍登場!無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了俄羅斯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，但還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。
神秘的槍口對準了怪盜基德!到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀也壹同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在壹個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。
但專門狙擊人右眼的神秘殺手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，新壹出現了……
釋題
KID的預告以“世紀末的魔術師”署名，暗合20世紀末的播出時間。其實指的是彩蛋的制作者喜壹，上上世紀的事了
大看點
還用說嗎？當然是KID的登場。而且還認出了柯南的身份（又增加了壹個）。最後還有新壹的出現，雖然是假的，但仍很興奮
小看點
1、KID的閃亮登場（幸福的步美）
怪盜基德化裝成新壹為柯南解圍2、哀第壹次在劇場版中的亮相哦，聲優也超好聽
3、KID的預告函，還有可愛的簽名
4、中森警官的大放厥詞“蛋放在壹邊，壹定要賭上警察的驕傲和榮譽，把那個王八小偷投到監獄去！”居然還有全場警察響應（熱血沸騰），小五郎的表情好無奈（汗）
5、追擊KID的壹幕（服部莫名其妙就掛了，原來是走走場子的，汗）
6、“白鳥”說“毛利先生就是死神吧”。KID還真是……
7、柯南打電話時“白鳥”的眼神
8、找蛋的神奇經歷（恕我找不到更好的詞）和那個蛋被投射出來的照片
9、柯南撲向蘭的那壹瞬
10、美女史考兵射擊柯南的眼睛（鏡）
11、被大火吞噬的城堡外眾人擔心地叫“柯南”、“新壹”，然後看到柯南就在身後
12、基德扮成白鳥的樣子，還真是....
13、柯南取下眼鏡差點“招供”時，黑羽快鬥（怪盜基德）扮成新壹出現在蘭的面前那壹大段，以及快鬥化裝為新壹
14、“新壹”滿身的鴿子
15、片子最後那條毛巾的下場
壹身白鴿的“新壹”
附1
此部劇場版更奠定了白鳥人民公敵的地位。唯壹帥的時候是KID扮的，之後居然還因為KID的功勞升官了。不爽關於毛利的丟臉問題：走出城堡的時候不僅傻傻的，還被哀說“跟著我就行了嘛”，那個衰樣。最後居然說“有雙美腿的青蘭小姐怎麽會是史考兵？”倒……
附2
死亡人數：2
死者名字：寒川龍 乾將壹
推理人（使用的聲音）：江戶川柯南（寒川龍、乾將壹、毛利小五郎、白鳥任三郎、本人）
使用的道具（使用人）：腳力倍增鞋、騎士頭盔、強化眼鏡、足球（柯南）、魔術牌手槍（怪盜基德）
犯人：浦思青蘭（壹個女犯人）（Scorpion史考兵 意為“毒蠍”）
殺手的真面目--青蘭動機：奪取“回憶之卵”是因為她認為皇帝的遺物應該留給和皇帝友好的祖先；殺死寒川是因為她認為寒川拍到了祖先的照片；殺乾先生是因為乾看到她裝消音器；射毛利是因為他對祖先有所侮辱。堅持射人右眼是因為祖先被人挖去了右眼（汗，又壹個完美主義者），不過就因為這樣，我們的柯南逃過了壹死。想想要是她隨便開壹槍，柯南還有命嗎 ？
相關迷題
M3：出題人 阿笠博士
我有很多個孫子，是幾歲？（ワシには多くの孫がいる。何才か？）
M3：答題人 哀
0歲。還只是壹個蛋呢。
ワシ和鷲（わし）同音，“多くの孫”就是“多孫（たまご）” （和卵同音）。還是蛋，當然就是0歲。
[編輯本段]精彩句子
KID：Ladies and gentlemen，It's show time!(女士們，先生們，精彩的表演秀就要開始了！）
KID：這世上有些事，最好讓它永遠成謎……
蘭：那時的柯南，真的好帥啊，好像新壹啊，可是妳們不是壹個人吧？
[編輯本段]精彩對白
柯南：小蘭姐？
蘭：謝謝妳在城堡救我壹命，當時的柯南好帥哦，好像新壹…… 真的好像新壹……
柯南：蘭……
蘭：可是妳們不是同壹個人吧，對不對？柯南…… 妳不是新壹…… 對吧…… ？