證書密碼也稱PIN碼，用戶可以在數字證書客戶端內修改密碼，也可以在“修改證書密碼”處進行修改。
用戶用證書登陸相關應用平臺時必須同時結合證書密碼來使用，用戶若連續6次輸錯密碼，證書將會被鎖定，需要前往辦理證書業務受理點進行解鎖。