惠州市第二中學位於惠城區橋東菜園墩西枝江畔，與下浦濱江公園隔江相望，地理環境優美，風景秀麗，它創辦於1960年9月。
惠州市第二中學原系惠州第壹小學、第二小學戴帽初中班，經合並整頓後於1960年9月正式成立“惠州鎮初級中學”，首任校長吳浩，教導主任楊仕良，隨後接任的有鄧誠、丘傑，總務主任古誌芳。二中初辦時由市委副書記曾玲同誌任名譽校長。當時學校規模小，只有11個教學班，師生約600人(其中教工40人左右)。並且校舍狹窄、設備簡陋、師資薄弱，全校僅有課室11個，儀器室、圖書室各壹個，籃球場壹個，科組聯合辦公，教師絕大部分是小學抽調上來的。
1962年秋，貫徹中央“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針，該校教職工進行大改動，從兄弟中學調進壹批教師，原由小學升上中學的教師分別調到華僑中學或小學。1963年冬隨著行政區域重新劃分，惠州鎮從惠陽縣分出並晉升為惠州市，“惠州鎮初級中學”正式改名為“惠州市第二中學”。當時有12個教學班，學生700人，教職工約50人。
1967年，吳浩校長調離二中，由肖光（女）接任校長壹職。副校長黃戶珊，政工主任盧石源，教導主任譚健，總務主任李忠友。1968年秋，市二中與市三中（現華僑中學）合並為惠州市第二中學，不久後又分開。同年開始招收二年制高中班二個，逐步發展成為頗具規模的完全中學。初高中***有14個教學班，學生約800人，教職工約55人。
60年代，二中校舍雖然比較陳舊、簡陋，也受到文化大革命的影響，但是二中師生憤發向上，自力更生，曾用幾個月的時間，把校園西邊壹大片低低窪窪的雜草地、池塘，填平建成學校運動場。並努力學習毛主席著作，做到活學、活用，當時二中組成壹個講用團，由副校長黃戶珊（革委會主任）帶隊，到惠陽地區各縣巡回講用。也常組織學生到掛鉤工廠惠陽機械廠學工，並且有大批初中畢業生響應黨中央號召，上山下鄉。二中學軍、學農、學工全面大開花。在這壹特定歷史時期，雖然有壹部分教師被打入過牛欄，校園內也曾發生過武鬥，但總得說來，培養了大批的優秀畢業生，為社會做出了貢獻。 1970年，二中遷入原惠陽高級中學校址上課，閆久發同誌調到二中擔任校長壹職。副校長黃戶珊、張麗娟，政工主任盧石源，教導主任葉祝生，總務主任李忠友。新學期開始，高中壹年級招收12個班，初中14個班，***26個教學班，學生1500人。1970年的7月，調入四十多名新教師，這是二中教師隊伍的又壹次大調整。這些新教師中，有約20名七O屆華南師範學院畢業生，因他們工資為47元，所以稱為47軍。這些人有：盧尚德、梅清美、周羨、吳水生、黃天宋、許俊通、陳俊輝、鐘曉、張桂芳、陳敬春、黃雪英、石招平、周自寬、湯梅發、唐孝猛、方振發、張盛光、葉鏡明、鄭廷雄、李素純等。另外，二中本校畢業留校從教的有10人：李惠玲、楊蘭興、陳錦新、李玉堅、吳容盛、王師旺、藍信光、郭進生、李定珠、翟招明。還從農村中招回知識青年10人，有：王師通、賴宜勇、郭金清、劉榮居、周冠粵、陳茂林、鄧雪英等。這些人後來大部分都成了教學骨幹。
由於有大批的優秀教師，二中發展迅速，在教學、文藝、體育方面屢建殊榮。其中，1970年到1973年連續三年獲得全市教工籃球賽第壹名。1971年在惠陽地區教師文藝匯演上，學校教師表演的大合唱《長征組歌》，獲得第壹名，此後，惠陽地區在二中設點搞文藝比賽，該校年年榜上有名。1971年，惠陽地區教育處在二中設點組織暑假教師學習班。到1972年，惠陽地區又在該校搞“教育改革”試驗點，效果顯著。另外，學校搞勤工儉學，在冷水坑和螺山辦起了農場，農場搞得有聲有色、熱火朝天，學生每隔半個月到農場學農。
1972年8月，閆久發同誌調離，丘其文校長上任，直至1975年7月。副校長李澤槐，政工主任盧石源，教導主任葉祝生，總務主任李忠友。學校規模得到進壹步發展，當時全校有30多個教學班，學生2300多人，是二中歷史上學生人數最多的時期，教職工也超過了100人。
1975年8月，由李澤槐接任校長壹職。這幾年，教學班保持在25～30個之間，學生人數2000人左右，教職工約100人。1977年全國恢復高考，二中應屆和歷屆（當時有大批人回到母校參加復習班）高中畢業生參加了考試，有30多人考上了大學，入圍人數和市壹中壹樣多，不少人被浙江大學、西安交通大學，中山醫學院等名牌大學錄取。1978年，該校學生黃萬年還考入了清華大學。在這幾年，學校對教學工作抓得很緊，高考都取得良好成績，在社會上影響很大，得到大家的認可。同年該校陳信展老師代表惠陽地區參加省運會航模比賽，取得個第四名。
1979年，由於二中校舍要退回給復辦的惠陽高級中學，二中搬回原校址（菜園墩26號），並和當時的六中合並統壹稱為惠州市第二中學，初中部設在現僑中，高中部設在現二中。壹年後，又分為二中、六中兩間學校。剛搬回時，學校只有兩座磚木結構的兩層教學樓和兩排低矮的平房，外加壹個坑窪不平的小操場和雜技團留下的練功用的小禮堂，辦學環境和條件都較為艱苦。 黨的十壹屆三中全會後，乘著改革開放的春風，二中生機勃勃，校園發生了翻天覆地的變化，創造了壹系列驕人的成績，寫下了八十年代壯麗、輝煌的篇章。
1980年，校長李澤槐，副校長盧石源、葉祝生、蔡漢宏，政工主任巫翩，教導處主任梁玉階，總務處主任李忠友。學校有22個教學班（其中初中10個班，高中12個班），學生人數1352人，教職員工112人。 1981年，校長黃秉鈞，副校長葉祝生、張佑昌，政治處主任鐘樹林，教導處主任溫欽明、黃連雙、劉琛，總務處主任李忠友，團委書記文麗。學校有20個教學班（其中初中8個班，高中12個班），學生人數1162人，教職員工108人。在這壹年，學校表彰了大批“紅花少年”和“三好學生”，沈新民同學還被錄取為人民解放軍航校學員，成為大家學習的榜樣。該校的夏尚勝老師，為廣州市110中學的老師上公開課，得到大家的壹致好評。
1982年，領導班子不變。學校有19個教學班（其中初中8個班，高中11個班），學生人數1151人，教職員工105人。學校興建了壹棟四層高的理、化、生實驗樓，曾強了學生的動手能力，使教學更為直觀、有效。這棟實驗樓壹直使用到2000年才拆除，完成了它的歷史使命。在教研方面，也開展的不錯，省教育廳教研室在該校進行數學練習冊使用試驗，效果顯著，外市有大批老師前來聽課、取經，並在省研導會上作了經驗介紹。
1983年，領導班子不變。學校有19個教學班（其中初中9個班，高中10個班），學生人數1120人，教職員工109人。學校各項制度日漸完善，加強了各方面的管理，教學秩序有條不紊，井然有序。各班都開展了“向張海迪學習”的主題班會，學生學習熱情高漲。國慶節還舉行了遊園活動，元旦舉行了文藝匯演，校園學習氣氛既緊張又輕松。
1984年，領導班子不變。學校有20個教學班（其中初中10個班，高中10個班），學生人數1271人，教職員工105人。開展了團基本知識講座，有很多學生寫了入團申請書，積極向團組織靠攏，到“五四”青年節這壹天，壹大批新團員宣誓，光榮加入了中國***青團。
1985年，劉維鋒任校長兼黨支部書記，工會主席黃秉鈞，黃連雙任副校長，張佑昌任黨支部副書記，政教處主任劉萬祥，教導處主任陳毅強，教導處副主任陳欽修，總務主任高友亮，團委書記黃惠霞。學校有22個教學班（初中8個班，高中14個班）學生總人數1384人，教職員工105人。該校陳信展老師代表惠陽地區教育局（唯壹教師代表）參加廣東省中學物理教改經驗交流會，並在會議期間發表論文壹篇。陳紹霖老師與惠陽地區教研室王中武副主任，壹同負責全地區升高中招生統考的命題工作（唯壹教師代表）。
1986年，黃毅強同誌任職校長兼黨支部書記，副校長張佑昌、劉萬祥，辦公室主任陳欽修，教務處主任陳毅強，教務處副主任陳紹霖，總務處主任高友亮，團委書記黃惠霞。學校有24個教學班（其中初中9個班，高中15班）學生總人數1510人，教職員工108人。校園面貌發生了很大改觀，建成壹座4層24間課室的教學樓。該校今年中考名列普通中學第壹。
1987年，領導班子不變。新學期開始，有很多學生爭先報考該校。學校***有25個教學班（其中初中8個班，高中17個班）學生總人數1579人，教職員工110人。根據上級有關部門的指示精神與要求，該校黃毅強等8位教師被評為高級職稱，還有壹大批被評為壹級教師，在市內學校中處於領先地位。在市田徑運動會上，該校高中組團體總分名列第三，李文星同學還打破了三級跳遠的市紀錄。
1988年，原惠陽地區改為惠州市，該校隸屬惠城區教育局管理，領導班子不變。學校有25個教學班。（其中初中10個班，高中15個班），學生總人數1444人，教職員工108人。教學大樓加建二層，總***6層36間課室。
1989年，該校領導班子不變。學校有29個教學班（其中初中15個班，高中14個班）學生總人數1566人，教職員工113人。團隊工作成績顯著，被團區委授予先進團委稱號。在城區組織的團歌比賽中，獲二等獎。在城區青年文藝花會上，該校榮獲優秀節目獎。該校升中考、高考各項指標均獲城區面上中學第壹，在社會上影響非常大。 1990年，該校領導班子不變。學校有教學班28個（其中初中15個班，高中13個班），學生總人數1519人，教職員工108人。該校少先隊工作出色，被惠城區教育局、少工委評為中學組壹等獎。校團委召開第五屆學代會。10月13日舉行了30周年校慶暨金馬圖書館奠基典禮，金馬圖書館是由校友張國超先生贊助20萬籌建，並在惠城區政府大樓進行捐贈儀式。
1991年，該校劃歸惠州市教育局直屬管理，該校領導班子不變。學校有教學班29個（其中初中17個班，高中12個班），學生總人數1426人，教職員工115人。被評為城市文明衛生先進單位，學校系統稅法宣傳教育先進單位。由68屆二中畢業學生張國超先生贊助20萬港元，興建了3層***三百平方米的金馬圖書館，這在惠州還是首例，曾得到社會各界的好評。市教育局撥款成立市二中鼓號隊，是當時市直中學第壹支鼓號隊，曾多次參加上級的各項慶典活動，引起社會各界人士的極大關註。
1992年，原校長黃毅強離任，戴光同誌接任校長兼黨支部書記，副校長劉萬祥，副書記兼工會主席張佑昌，辦公室主任陳欽修，教務處主任遊文才，教務處副主任陳紹霖，總務處主任高友亮，總務處副主任黃金佑，團委書記肖革意。學校有教學班27個（其中初中18個班，高中9個班）學生總人數1426人，教職員工118人。本年度思想教育工作主要以“兩史壹情”為主要內容，讓學生接受愛國主義教育。
1993年，該校領導班子不變。學校有教學班30個（其中初中19個班，高中9個班，與廣州市交通運輸中等專業學校合辦了兩個會計班）學生總人數1634人，教職員工120人。另外惠州大學有2個班在該校暫借課室上課。學校購置了25臺電腦，配備了電腦室。體育科組訓練有方，四個隊參加市直中學生籃球賽，均獲得好名次。該校陳信展老師被國家物理學會評為優秀指導教師。陳紹霖副主任代表惠州市教研室參加廣東省沿海版教材研討會。
1994年，領導班子不變。學校有教學班29個（其中初中19個班，高中8個班，會計班2個），學生總人數：1458人，教職員工117人。江邊教師宿舍建成。
1995年，陳紹霖同誌上任校長兼黨支部書記，副校長劉萬祥、何偉光，辦公室主任陳欽修，教務處主任遊文才，教務處副主任劉炳新，德育處主任劉榮居，總務處主任陳光瑜，團委書記肖革意。學校有32個教學班（其中初中18個班，高中12個班，會計班2個），學生總人數為1668人，教職員工112人。本年度該校在文藝、體育方面成績突出，各科競賽都榜上有名。高壹新生第壹次到羅浮山軍訓，受到教官、局領導的好評。小三棟教師宿舍建成。
1996年，領導班子不變。學校有30個教學班（其中初中18個班，高中12個班），學生總人數1484人，教職員工110人。學校在普及普通話工作方面成績優良。
1997年，領導班子不變。學校有30個教學班（其中初中17個班，高中13個班），學生總人數1565人，教職員工112人。該校支部黨建工作“六有”達標，榮獲廣東省初中“三防”知識統測二等獎。
1998年，領導班子不變。學校有28個教學班（其中初中15個班，高中13個班），學生總人數1489人，教職員工109人。市直中學生籃球賽四個隊都名列前茅。高壹新生到鎮隆參加軍訓。
1999年，學校領導班子換屆，陳紹霖任校長兼黨支部書記，副校長何偉光、劉萬祥、黎敏，辦公室主任陳欽修，辦公室副主任吳雪茹，教務處主任劉炳新，副主任彭新、陳光前，德育處主任劉榮居，總務處主任陳光瑜，團委書記吳雪茹（兼）。學校有27個教學班（初中16個班，高中11個班）。學生總人數1402人，教職員工107人。 2000年，領導班子不變。學校有26個教學班，（其中初中16個班，高中10個班，學生總人數為1299人教職員工人數104人。警民***建文明學校掛牌，被惠城區人民政府評為安全文明校園。全校師生參加舉行遠離“兩室壹廳”簽名和宣誓儀式大會。參加全市中小學生文藝匯演獲二等獎。該校教師在省級比賽獲得好名次，學生在全國競賽中榜上有名。
2000年以來，學校5次榮獲惠州市、惠城區高考成績進步獎和中考進步獎；6次被惠州市政府、惠城區政府授予“安全文明校園”；
2001年，領導班子不變，學校有25個教學班（初中15個班，高中10個班），學生總人數1239人，教職員工106人。市委組織部陳仕其部長掛鉤該校，市人大、市關工委田業如主任等多次到該校視察、指導工作，親自選定新校門位置，並作出馬上改建校門的決定。同年10底，新校門落成。陳仕其、湯聘輝、呂振生、陳思強等市領導及市教育局莊煥照等全部局級領導，橋東區領導、校友合***三百多人，參加了該校新校門的落成儀式。陳仕其部長還作了熱情洋溢、振奮人心的講話，勉勵我們要把二中辦成橋東最好的學校。在濱江公園舉行《走向明天》專場文藝晚會，得到市、局領導，群眾的壹致好評。
2002年，學校班子換屆，中層幹部全部競爭上崗。校長何偉光，黨支部書記兼工會主席陳紹霖，副校長陳光前、翁煜，辦公室主任吳雪茹，副主任劉文勝，教務主任劉炳新、副主任林永文，德育主任彭新、副主任何偉新，總務主任黃德金，團委書記黃惠星。學校有28個教學班（初中18個班，高中10個班），學生總人數1489人，教職員工108人。科教大樓建成並投入使用。該校團委被***青團惠州市委授予“五四紅旗團委”光榮稱號，並授予優秀青年服務隊。
2003年，領導班子不變。由於校園面貌煥然壹新，近年中考考上重點中學人數多，高考入圍前三批每年都有幾十人，教師素質高、工作負責有愛心，治安環境良好，二中在社會上聲譽好，家長放心，所以本年度有大批學生報讀，學生人數大增。學校有教學班31個（其中初中18個、高中13個），學生總人數1802人，教職員工121人。該校黨支部在開展“黨員先鋒模範崗”活動中被授予優秀組織獎。3月，舉辦了首次教學開放周活動，向社會、同行、家長展示了二中師生的嶄新風貌。12月，舉辦了首屆科技藝術節，有小制作展覽、各學科競賽、現場繪畫、十佳歌手、文藝晚會等，場面熱烈又充滿學術氣氛。
2004年，學校被評為市壹級學校，同時獲得“省特級檔案綜合管理單位”榮譽；
2003年高考上大專線以上人數突破百人大關，
2003年至2009年高考上線人數連續七年增長。
2007年，被惠城區體育局確定為體育（武術）傳統學校；2008年，學校順利通過市壹級學校復評。