三本畢業證書和二本沒有什麽區別。
第三批本科（the third batch of undergraduate）簡稱“三本”，是指中國大陸高等教育本科層次錄取批次和錄取順序排在第三批次。三本院校的招生是根據參加全國統壹高考錄取的方式進行的。 壹本、二本、三本都屬於“普通高等學校”教育系列，學制為四年，畢業證書和學位證書都是“普通高等學校”教育證書。
三本院校包括：
1、獨立學院==獨立二級學院（公、民合辦，民企出資，屬於民辦範疇）。
2、民辦普通本科高校。（私辦、私人出資）。
3、合作辦學本科高校。（屬於民辦範疇）。
以上內容參考百度百科——三本